自动化CESM2构建与提交的bash脚本指南

资源摘要信息: "CESM2_bash_scripts" CESM2_bash_scripts是一套旨在自动化地球系统模型建模工作流程的Bash脚本集合。这个工具集特别针对使用CESM2（Community Earth System Model 2）的用户，他们需要快速、一致地执行各种建模任务。下面详细解释各个脚本的功能以及它们在建模工作流程中的应用。 首先，我们需要了解的是CESM2模型的基本概念。CESM2是集合了多个气象模型组件的综合地球系统模型，它能够模拟大气、海洋、海冰、陆地等地球各圈层的相互作用，是气候科学研究和长期气候预测的重要工具。由于其复杂性，建模过程涉及大量的前处理、运行配置、数据后处理等步骤，这些步骤使用手工方式不仅费时费力，而且容易出错。因此，自动化脚本的出现，极大地提高了工作效率，同时保证了运行配置的一致性和准确性。 接下来，我们详细解读"CESM2_bash_scripts"中的关键脚本及其功能： 1. build_cesm_bash.sh脚本 build_cesm_bash.sh是整个CESM2_bash_scripts包中最为关键的脚本之一。它串联了多个任务，以确保用户能够从零开始构建一个全新的CESM2案例。具体步骤包括： - 采购所需模块：在脚本执行过程中，根据配置需要加载必要的软件和库模块，这些模块可能是编译CESM2源代码所必需的。 - 创建新案例：生成一个新的案例目录结构，为后续的模型配置和运行提供框架。 - 编辑xml变量：修改配置文件中的XML变量，包括指定模型的配置参数，如时间步长、积分时长、计算区域等。 - 执行案例设置：调用CESM2提供的工具（如cesm_setup）来初始化案例设置。 - 添加用户nl文件：用户可以根据需要将自定义的nl文件（即namelist文件，控制模型运行参数）加入到案例中。 - 执行模型构建：编译模型，生成可执行文件。 - 检查案例并提交：确认案例的配置无误后，通过脚本提交运行任务到计算资源池。 该脚本执行结果将生成一个"buildout"文件，记录了所有操作的详细输出，包含标准的错误（err）和输出（out）信息，这对于调试问题至关重要。 2. run_build_cesm脚本 run_build_cesm脚本为CESM2的运行提供了一个批处理提交的框架。通过这个脚本，用户可以在特定的计算分区上请求所需的CPU核心数、内存和时间分配。该脚本在每次提交运行之前，会清理掉之前的"构建"环境，确保运行环境的干净与一致。 3. 清理旧版本的脚本 描述中并未提供具体的清理脚本名称，但是我们可以推测，存在用于清理不再需要的旧案例文件的脚本。这种脚本通常会删除旧的构建文件、输出文件和任何临时文件，帮助用户维护磁盘空间并保持案例目录的整洁。 在使用这些脚本时，用户需要具备一定的Shell编程知识，以便能够根据自己的计算环境和案例需求对脚本进行适当的修改。此外，了解Bash脚本的基本语法、变量赋值、条件判断、循环结构以及Linux环境下的常用命令也是必须的。对于大型科学计算项目来说，熟悉工作调度系统（如Slurm、PBS等）的使用也是非常重要的，因为这些系统往往用于管理计算资源的分配和任务调度。 以上就是对"CESM2_bash_scripts"的详细知识点解读。这套脚本通过简化和自动化建模流程，为CESM2用户节省了大量时间，并极大地提高了工作效率。然而，为了正确使用这些脚本，用户必须具备一定的技术背景和对CESM2工作流程的理解。