NucleiTracker4D：3D细胞核实时成像追踪工具

"NucleiTracker4D是一个开源软件，专为生物医学研究设计，尤其适用于根据实时成像数据在3D空间中追踪细胞核的动态变化。此工具基于Matlab开发，支持直接加载TIFF文件和多通道原始图像，并具有缩放、缓冲加载多时间堆栈以及保存谱系信息为CSV文件等功能。用户还可以生成关注单个细胞的电影序列。该软件有两个版本，即Ver2.0和Ver3.0，添加到Matlab路径时需要选择其中一个版本的文件夹，以防函数冲突。" NucleiTracker4D是生物学家和发育生物学家的有力工具，它允许研究人员对复杂胚胎中的细胞形态发生进行定量半自动分析，具有单细胞分辨率。以下是关于NucleiTracker4D的一些关键知识点： 1. **3D细胞核追踪**：NucleiTracker4D的核心功能是追踪细胞核在三维空间中的运动轨迹，这对于理解细胞分裂、迁移和组织形成等过程至关重要。 2. **文件支持**：该软件可以直接读取TIFF格式的图像文件，无需预先转换为LSM格式，扩大了兼容性。同时，它还支持加载包含多个通道的原始图像数据，这在处理多色荧光成像时非常有用。 3. **图像操作**：NucleiTracker4D提供了缩放功能，用户可以放大或缩小图像以便于细节观察。通过缓冲加载多时间堆栈，软件能够高效处理大体积的时空图像数据。 4. **数据管理与导出**：谱系信息可以被保存为CSV文件，这是一种常见的数据交换格式，便于与其他数据分析软件或数据库集成。此外，用户可以选择感兴趣的细胞生成细胞运动的电影序列，直观展示细胞行为。 5. **版本差异**：NucleiTracker4D的版本2.0和3.0并存，每个版本的文件夹中都包含了软件的不同实现。当添加到Matlab路径时，应避免同时添加两个版本的文件夹，因为某些函数名相同，可能导致运行错误。 6. **Matlab兼容性**：作为基于Matlab的工具，NucleiTracker4D依赖于Matlab环境运行，因此用户的计算机上需要安装相应版本的Matlab才能使用。 7. **应用领域**：此软件主要用于生物学研究，特别是发育生物学和细胞生物学，可帮助科学家在单细胞水平上量化细胞行为，对于胚胎发育过程的研究、疾病模型的建立以及药物筛选等方面有重要价值。 NucleiTracker4D是一个强大且灵活的工具，为生命科学研究提供了有力的技术支持，使得复杂的细胞动力学分析变得更加便捷和准确。