python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例_使用VTK进行三维数据可视化 - CSDN文库

29 浏览量更新于2023-03-16 评论收藏 53KB PDF 举报

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python使用使用nibabel和和sitk读取保存读取保存nii.gz文件实例文件实例

主要介绍了python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一

起跟随小编过来看看吧

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。

使用使用nibabel

由于使用nibabel图像会旋转90度，所以读取保存的时候还得保存映射信息，3维图像格式为（z, y, x）

读取nii.gz文件

img = nib.load('xxxxx.nii.gz')

img_affine = img.affine

img = img.get_data()

保存nii.gz文件

nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename('xxxxx.nii.gz')

使用使用sitk

使用sitk读取nii时，读取出来的还是图片格式，可以使用他自带的函数进行处理，不过速度比较慢，建议使用

GetArrayFromImage转换成numpy格式再处理，3维图像格式为（x, y, z）

读取nii.gz文件

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')

img = sitk.GetArrayFromImage(img)

保存nii.gz文件

out = sitk.GetImageFromArray(img)

sitk.WriteImage(out,'xxxxx.nii.gz')

在numpy数组和nibabel或sitk中相互转换时，要注意数据的格式，一般保存为int或uint类型。比如输入nii为16位有符号整型

时，我们可能需要转换成0~255灰度图，可用如下代码：

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')

img = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img),sitk.sitkUInt8)

img = sitk.GetArrayFromImage(img)

补充知识：补充知识：SimpleITK保存保存Nii文件与错误处理方式文件与错误处理方式

Reason:

把处理好的分割结果保存为nii文件，用ITKsnap读取时出现了如下错误。

SimpleITK读取和保存Nii文件

1. 读取读取

import SimpleITK as sitk

filename = './xxx.nii'

ct = sitk.ReadImage(filename)

ct_array = sitk.GetArrayFromImage(ct)

origin =ct.GetOrigin()

direction = ct.GetDirection()

space = ct.GetSpacing()

2. 保存保存

savedImg = sitk.GetImageFromArray(ct_array)

savedImg.SetOrigin(origin)

savedImg.SetDirection(direction)

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