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gaussian09使用手册
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更新于2023-05-27
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gaussian09英文使用手册,适合初学者使用,建议爱是用gaussian相关的软件的时候,可以先看看此类文件,使得对于噶US思安有一个初步的认识
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Gaussian 09 使用手册目录
Gaussian 09 文献引用
准备计算输入档案
o 计算工作类型
o 化学模型
o 基底函数
o 分子系统设定
o 多步骤计算工作
Gaussian 09 关键词
o 关键词清单
Gaussian 09 工具程序
Gaussian 09 IOPs 参考手册
执行 Gaussian 09 计算
o 在 Linux/UNIX 计算机系统上执行
o 网络/丛集计算机平行处理:Linux/UNIX
o 有效使用 Gaussian 程序
o 程序限制
Z-矩阵有关的说明。
Gaussian 09 模块(Links)清单
和 Gaussian 03 的差异
Gaussian 09 范例计算输入档案和计算输出档案
o test000-test099
o test101-test199
o test200-test299
o test300-test399
o test400-test499
o test500-test599
o test600-test699
o test700-test799
o test800-test899
o test900-test919
参考文献

Last update:
1 September
2009
Gaussian 09 计算输入档案
Gaussian 09 计算输入档是一个包含一系列的行所构成的 ASCII 文字文件。
Gaussian 计算输入党的基本结构包含几个段落:
Link 0
指令:
确定站存盘的位置和名称(段落结束时不需要空行)。
计算路径段落
(#
行
):指定所要进行的计算工作类型,模型化学和其它
选项(用空行结束这个段落)。
标题段落:
计算工作的简短描述(用空行结束这个段落)。输入档内要有
这个段落,但 Gaussian 09 程序不会加以处理。这行数据汇出现在计算
输出档作为识别之用。通常,这一段落会包含化合物名称,对称性,电子
状态,以及其它任何相关的信息。标题段落不能超过五行,必须以空行终
止。在这段落中应避免使用这些符号:
@ # ! - _ \ control
字母
(
尤其是 Ctrl-G)
。
分子系统设定段落:
设定要研究的分子系统(以空行终止这个段落)。
额外的段落选项:
某些计算工作类型需要无外的输入数据(通常以空行
终止段落)。
许多 Gaussian 09 计算工作输入档只有第二,第三和第四个段落。以下是一个
输入文件的范例,要求对水分子做单一结构能量计算:
# HF/6-31G(d)
计算路径段落
water energy
标题段落
0 1
分子系统设定
O -0.464 0.177 0.0
H -0.464 1.137 0.0
H 0.441 -0.143 0.0
这计算中,计算路径和标题段落各占一行。分子系统设定段落第零行是分子电荷
和自旋多重态。电荷为零(中性分子),自旋多重态为 1(单一态)。电荷和自
旋多重态行之后是描述分子中各原子位置的行,一个原子一行。这个粒子中使用
直角坐标。分子系统设定在后面会有详细的讨论。
以下这个计算输入文件范例使用 Link 0 指令和一个额外的输入段落:
%Chk=heavy Link 0
段落
# HF/6-31G(d) Opt=ModRedundant
计算路径段落

Opt job
标题段落
0 1
分子系统设定
段落
原子坐标
…
3 8
在用来
做几何优选的内坐标系统内增加一个键长和一个键角
2 1 3
这计算工作指定进行几何优选计算。分子系统设定段落后面的输入段或是关键词
Opt=ModRedundant 需要的输入数据,指定在几何优选计算中使用的内坐标里增
加一个键长和键角。这计算工作同时指定检查档的档名。
为方便查询,以閜表中列出 Gaussian 09 程序计算输入文件中可能会出现的段落,
依照各段落出现的次序排列。每个段落对应的关键词也列在表中。
Gaussian 09 计算输入档各段落的次序
段落
需要这输入段落的关键词
是否需
要空行
做结
束?
Link 0 指令
% 指令
否
计算路径段落 (# 行)
所有关键词
是
额外层组 Extra
Overlays
ExtraOverlays
是
标题段落
所有关键词, Geom=AllCheck 除外
是
分子系统设定
所有关键词, Geom=AllCheck 除外
是
原子连接关系
Geom=Connect 或 ModConnect
是
冻结原子位置
Geom=ReadFreeze
是
坐标修改
Opt=ModRedundant
是
第二个标题和分子系统
设定
Opt=QST2 或 QST3
两者皆
是
第二组坐标的原子连接
关系
Geom=Connect 或 ModConnect 和 Opt=QST2
或 QST3
是
第二组冻结原子
Geom=ReadFreeze
是
第二组坐标修改
Opt=QST2 或 QST3
是

第三组标题和分子系统
设定,过渡状态的最初
猜测结构
Opt=QST3
两者皆
是
第三组坐标的原子连接
关系
Geom=Connect 或 ModConnect
Opt=(ModRedun, QST3)
是
第三组冻结原子
Geom=ReadFreeze
是
第三组坐标修改
Opt=(ModRedun, QST3)
是
PDB 二级结构数据
若分子设定段落中有胺基酸分子团的信息
是
原子质量
ReadIsotopes 选项
是
分子力学参数
HardFirst, SoftFirst, SoftOnly, Modify
是
感兴趣的振动频率
CPHF=RdFreq
是
背景电荷分布
Charge
是
BOMD/ADMP 输入 (1 或
多个段落)
ADMP 和 BOMD 需要的输入数据,
ReadVelocity, ReadMWVelocity 选项
是
PCM 输入数据
SCRF=(ExternalIteration,Read)
是
IRC 表的坐标
IRC=Report
是
简协限制 Harmonic
constraints
Geom=ReadHarmonic
是
半经验方法参数
(Gaussian 格式)
Input 选项, AM1=Both
是
半经验方参数 (MOPAC
格式)
MOPAC, Both 选项
是
基底函数设定
Gen, GenECP, ExtraBasis
是
基底函数更改
Massage
是
有现场系数 Finite
field coefficients
Field=Read
是
ECP 设定
Pseudo=Cards, GenECP
是
密度释配基底组设定
ExtraDensityBasis
是
PCM 溶解模型输入
SCRF=Read
是
DFTB 参数
DFTB
是
最初猜测的来源
Guess=Input
是
要结合的对称类型
Guess=LowSymm
否
轨域设定(分离 α 和
β)
Guess=Cards
是
轨域更改(分离 α 和
β)
Guess=Alter
是

轨域排序(分离 α 和
β)
Guess=Permute
是
# 轨域/GVB 电子对
GVB
否
CAS 状态平均的权重
CASSCF=StateAverage
否
要计算自旋轨道耦合效
应的状态
CASSCF=SpinOrbit
否
轨域冻结信息
ReadWindow 选项
是
要精制的 EPT 轨域
EPT=ReadOrbitals
是
要计算自旋-自旋耦合
常数的原子清单
NMR=ReadAtoms
是
另一种原子半径
Pop=ReadRadii 或 ReadAtRadii
是
静电性质的数据
Prop=Read 或 Opt
是
NBO 输入数据
Pop=NBORead
否
简协正振动模式选择
Freq=SelectNormalModes
是
障碍旋转体 Hindered
Rotor 输入数据
Freq=ReadHindered
是
非简协正则振动模式选
择
Freq=SelectAnharmonicNormalModes
是
FCHT 的正则振动模式
Freq=SelectFCHTNormalModes
是
非简协性的输入数据
Freq=ReadAnharmonic
是
FCHT 输入数据
Freq=ReadFCHT
是
Pickett 输出档名
Output=Pickett
否
PROAIMS 输出档名
Output=WFN
否
输入数据的语法
通常 Gaussian 计算输入数据遵循以下语法规则:
输入的数据没有固定的格式,和字母大小写无关。
空格,跳格(tabs),逗点,或前斜线可以任何组合方式分隔在一行中的
各项。连续多个空格当做一个区隔。
关键词的选项可用以下方式设定:
o keyword = option
o keyword(option)
o keyword=(option1, option2, …)
o keyword(option1, option2, …)
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