Cytoscape中文用户手册.pdf_Cytoscape

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Cytoscape用户手册中文版

The Cytoscape Collaboration

该中文版由陈钢（www.gossipcoder.com）翻译

中文翻译项目网站：http://code.google.com/p/cytoscape-cn/

March 1, 2010

Contents

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1 启启启动动动 Cytoscape 6

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2 Cytoscape快快快速速速入入入门门门 11

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輲輮輱輮輱轆轩转轥輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輱輳

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輲輮輱輮輴轓轥转轥轣轴輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輱輴

輲輮輱輮輵轌轡轹软轵轴輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輱輴

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輲輮輱輮輷轈轥转轰輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輱輵

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3 命命命令令令行行行参参参数数数 18

4 Cytoscape 设设设置置置 20

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5 创创创建建建网网网络络络 23

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輵輮輱輮輲从远程计算机上导入网络（轕轒轌导入）輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輲輴

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輵輮輲輮輲基本操作輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輲輶

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輵輮輲輮輵修改属性名称和类型輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輲輸

輵輮輳从轗轥轢服务导入网络輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輲輸

輵輮輴编辑新网络輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輲輸

輱

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6 所所所支支支持持持的的的网网网络络络文文文件件件格格格式式式 29

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輶輮輳轘轇轍轍轌格式輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輳輱

輶輮輴系统生物学标记语言（轓轹轳轴轥轭轳轂轩软转软轧轹轍轡轲轫轵轰轌轡轮轧轵轡轧轥）輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輳輱

輶輮輵轂轩软轐轁轘輨轂轩软转软轧轩轣轡转轐轁轴轨轷轡轹轳轥轘轣轨轡轮轧轥輩格式輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輳輱

輶輮輶轐轓轉輭轍轉格式輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輳輱

輶輮輷纯文本表格和轅轸轣轥转表格輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輳輲

輶輮輸轃轹轴软轳轣轡轰轥中节点的命名輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輳輲

7 节节节点点点和和和边边边的的的属属属性性性 34

8 加加加载载载基基基因因因表表表达达达（（（属属属性性性矩矩矩阵阵阵）））数数数据据据 41

輸輮輱数据文件格式輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輴輲

輸輮輲基本过程輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輴輲

輸輮輳实例輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輴輲

輸輮輴文件格式的详细说明（高级用户）輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輴輳

9 从从从外外外部部部数数数据据据库库库导导导入入入网网网络络络和和和属属属性性性 45

10 浏浏浏览览览和和和布布布局局局 46

11 可可可视视视化化化风风风格格格 47

輱輱輮輱什么是视觉风格？輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輴輸

輱輱輮輲轖轩轺轍轡轰轰轥轲用户界面简介輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輵輴

輱輱輮輳轉轮轴轲软轤轵轣轴轩软轮轴软轖轩轳轵轡转轓轴轹转轥轳輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輵輶

輱輱輮輴轖轩轳轵轡转轁轴轴轲轩轢轵轴轥轳輬轇轲轡轰轨轁轴轴轲轩轢轵轴轥轳轡轮轤轖轩轳轵轡转轍轡轰轰轥轲轳輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輮輵輷

12 节节节点点点和和和边边边的的的查查查找找找与与与过过过滤滤滤 73

13 编编编辑辑辑网网网络络络 74

14 插插插件件件和和和插插插件件件管管管理理理器器器 75

15 CytoPanel 76

16 渲渲渲染染染引引引擎擎擎 77

17 注注注释释释 78

18 链链链接接接 79

引引引言言言

轃轹轴软轳轣轡轰轥项目致力于为用户提供一个开源的网络显示和分析软件。软件的核心部分提供了网络显示、布

局、查询等方面的基本功能。软件的核心可以通过插件架构进行扩展，这样就能快速地开发出新的功能。

轃轹轴软轳轣轡轰轥源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合

在一起。虽然轃轹轴软轳轣轡轰轥也能适用于其他分子构件和相互作用，但其最强大的功能还是用于大规模蛋白质輭蛋

白质相互作用、蛋白质輭轄轎轁和遗传交互作用的分析。各种物种，包括人类，的这方面的实验数据都在迅速增

加。通过轃轹轴软轳轣轡轰轥，用户可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整

合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。

轃轹轴软轳轣轡轰轥的核心是网络（图），其中的节点（轮软轤轥）是基因、蛋白质或分子，其中的连接则是这些生物

结构之间的相互作用。

0.1 开开开发发发

轃轹轴软轳轣轡轰轥是轉轮轳轴轩轴轵轴轥车软轲轓轹轳轴轥轭轳轂轩软转软轧轹（轌轥轲软轹轈软软轤实验室）、加州大学圣地亚哥分校（轔轲轥轹

轉轤轥轫轥轲实验室）、轍轥轭软轲轩轡转轓转软轡轮輭轋轥轴轴轥轲轩轮轧癌症研究中心（轃轨轲轩轳轓轡轮轤轥轲实验室）、轐轡轳轴轥轵轲研究院（轂轥轮轮软

轓轣轨轷轩轫软轷轳轫轩实验室）、安捷伦科技（轁轮轮轥轴轴轥轁轤转轥轲实验室）和加州大学旧金山分校（轂轲轵轣轥轃软轮轫转轩轮实验室）

的合作项目。

详情请访问轨轴轴轰輺輯輯轷轷轷輮轣轹轴软轳轣轡轰轥輮软轲轧。

0.2 授授授权权权

轃轹轴软轳轣轡轰轥受轇轎轕轌轇轐轌（轌轥轳轳轥轲轇轥轮轥轲轡转轐轵轢转轩轣轌轩轣轥轮轳轥）的保护。在本手册的附录中能找到该授权，

同时可以访问轨轴轴轰輺輯輯轷轷轷輮轧轮轵輮软轲轧輯轣软轰轹转轥车轴輯转轥轳轳轥轲輮轴轸轴。轃轹轴软轳轣轡轰轥还是用了其他的一些开源程序库，详情见

本手册的致谢。

0.3 2.6版版版本本本的的的更更更新新新

轃轹轴软轳轣轡轰轥輲輮輶中增加了很多新功能，在性能和软件的易用性上也有提升。包括：

• 轗轥轢轓轥轲轶轩轣轥轃转轩轥轮轴轍轡轮轡轧轥轲框架能将轗轥轢服务客户端集成到轃轹轴软轳轣轡轰轥中。

• 通过轗轥轢服务客户端插件，可以从轐轡轴轨轷轡轹轃软轭轭软轮轳、轉轮轴轁轣轴和轎轃轂轉轅轮轴轲轥轺轇轥轮轥下载网络数据。

• 通过轗轥轢服务插件，可以从轂轩软轍轡轲轴导入注释信息。这主要是用于轉轄的翻译和名称映射。

• 轃轹轴软轳轣轡轰轥主题。轄轹轮轡轭轩轣輌转轴轥轲轳輮

• 动态过滤。轎轥轴轷软轲轫轍轡轮轡轧轥轲轳轵轰轰软轲轴轳轭轵转轴轩轰转轥轮轥轴轷软轲轫轳轥转轥轣轴轩软轮輮

• 网络管理器支持多网络选取。轌轡轢轥转轐软轳轩轴轩软轮轩轮轧轨轡轳轢轥轥轮轩轭轰轲软轶轥轤輮

• 改进了标签的位置。轓轥轳轳轩软轮轳轡轶轩轮轧软轣轣轵轲轳轩轮轭轥轭软轲轹輮

• 将会话保存在内存中。轘轇轍轍轌轉轭轰轲软轶轥轭轥轮轴轳輮

• 改进了轘轇轍轍轌。轎轥轴轷软轲轫转软轡轤轩轮轧轩轭轰轲软轶轥轭轥轮轴轳輮

• 网络加载得到了改进。

• 轌轩轮轫软轵轴轩轮轴轥轧轲轡轴轥轤轷轩轴轨轡轴轴轲轩轢轵轴轥轢轲软轷轳轥轲輮

輴

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神龙摆尾无拘束

2012-07-16

前面还挺好的，可惜后面只有章标题，没有内容了。

wsedwsed

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