python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)_python如何读取ct格式

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python读取读取dicom图像示例图像示例(SimpleITK和和dicom包实现包实现)

今天小编就为大家分享一篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)，具有很好的参考价值，希望

对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧

1. 用用SimpleITK读取读取dicom序列：序列：

import SimpleITK as sitk

import numpy as np

img_path='F:\dataset\pancreas\Output\thick\original\1'

mask_path='F:\dataset\pancreas\Output\thick\groundtruth\1'

reader = sitk.ImageSeriesReader()

img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)

reader.SetFileNames(img_names)

image = reader.Execute()

image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x

reader = sitk.ImageSeriesReader()

mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)

reader.SetFileNames(mask_names)

mask = reader.Execute()

mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用用dicom读取单张读取单张dicom图像并显示：图像并显示：

import dicom

import pylab

ds=dicom.read_file("F:\dataset\pancreas\Output\thick\groundtruth\1\FILE0001_seg.dcm")

pixel_bytes = ds.PixelData

##CT值组成了一个矩阵

pix = ds.pixel_array

##读取显示图片

pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)

pylab.show()

如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：

##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData

for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300

if val < 300:

ds.pixel_array.flat[n]=0

ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring()

ds.save_as("newfilename.dcm")

3. 此外，用此外，用pydicom也可读取也可读取dicom图像图像

以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，

也希望大家多多支持我们。

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VashtaNerada

2023-07-26

作者给出了代码示例，并且解释了每一步的作用，非常实用。

影像影像DICOM处理python代码

python 读取多序列dicom文件生成stl

您可以使用Python中的pydicom库来读取多序列的DICOM文件，并使用vtk库将其转换为STL格式。以下是一个简单的示例代码： ```python import vtk import pydicom import os def dicom_to_stl(dicom_dir, output_stl): reader = vtk.vtkDICOMImageReader() reader.SetDirectoryName(dicom_dir) reader.Update() # 提取DICOM图像数据 image_data = reader.GetOutput() # 使用vtkMarchingCubes算法提取表面 surface_extractor = vtk.vtkMarchingCubes() surface_extractor.SetInputData(image_data) surface_extractor.ComputeNormalsOn() surface_extractor.SetValue(0, 1000) # 根据实际需求设置阈值 # 使用vtkSTLWriter将提取的表面写入STL文件 stl_writer = vtk.vtkSTLWriter() stl_writer.SetFileName(output_stl) stl_writer.SetInputConnection(surface_extractor.GetOutputPort()) stl_writer.Write() dicom_dir = "path/to/dicom/files" output_stl = "path/to/output.stl" dicom_to_stl(dicom_dir, output_stl) ``` 请确保您已经安装了pydicom和vtk库。在代码中，您需要将`dicom_dir`替换为包含多序列DICOM文件的目录的路径，并将`output_stl`替换为要生成的STL文件的路径。请注意，对于具有多个序列的DICOM文件，您可能需要根据实际需求选择正确的序列进行转换。上述代码中的阈值设定为1000，您可能需要根据您的DICOM文件的特定值进行调整。希望对您有帮助！

详细介绍一下SimpleITK.ReadImage及其参数

`SimpleITK.ReadImage()` 是 SimpleITK 库中的一个函数，用于读取图像数据。它可以从磁盘上的文件或内存中的数据读取图像，并返回一个 SimpleITK 图像对象。下面是 `.ReadImage()` 函数的基本语法： ```python image = sitk.ReadImage(file_name, imageIO=None) ``` 参数说明： - `file_name`：要读取的图像文件的路径或 URL。可以是常见的图像格式，如 DICOM、NIfTI、JPEG 等。 - `imageIO`（可选）：指定要使用的 ImageIO 对象来读取图像。如果未指定，则使用默认的 ImageIO。 `.ReadImage()` 函数返回一个 SimpleITK 图像对象，你可以使用它来访问图像数据和元数据，以及进行各种图像处理操作。下面是一个示例，展示如何使用 `.ReadImage()` 函数读取图像文件： ```python import SimpleITK as sitk # 读取图像文件 image_path = "example.dcm" image = sitk.ReadImage(image_path) # 访问图像属性 size = image.GetSize() spacing = image.GetSpacing() origin = image.GetOrigin() # 显示图像信息 print("Image size:", size) print("Image spacing:", spacing) print("Image origin:", origin) ``` 在上面的示例中，我们首先导入了 SimpleITK 库，并使用 `.ReadImage()` 函数读取名为 "example.dcm" 的 DICOM 格式图像。然后，我们使用一些 SimpleITK 的函数来访问图像的属性，例如大小（size）、间距（spacing）和原点（origin）。最后，我们打印出这些图像信息。需要注意的是，`.ReadImage()` 函数还可以读取内存中的图像数据。你可以将图像数据加载到内存中，并将其传递给 `.ReadImage()` 函数的 `file_name` 参数。希望这个详细介绍能够帮助到你！如果还有其他问题，请随时提出。

dicom图像转为jpg格式

你可以使用Python中的pydicom库来读取DICOM文件，并使用Pillow库将其转换为JPEG格式。以下是一个简单的示例代码： ```python import pydicom from PIL import Image # 读取DICOM文件 ds = pydicom.dcmread("example.dcm") # 获取像素数组 pixel_array = ds.pixel_array # 将像素数组转换为图像 image = Image.fromarray(pixel_array) # 保存为JPEG格式 image.save("example.jpg") ``` 请注意，DICOM文件可能包含多个图像，因此您可能需要根据需要处理多个像素数组。

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