python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)_ct值与像素的关系 - CSDN文库

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python读取读取dicom图像示例图像示例(SimpleITK和和dicom包实现包实现)

今天小编就为大家分享一篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)，具有很好的参考价值，希望

对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧

1. 用用SimpleITK读取读取dicom序列：序列：

import SimpleITK as sitk

import numpy as np

img_path='F:\dataset\pancreas\Output\thick\original\1'

mask_path='F:\dataset\pancreas\Output\thick\groundtruth\1'

reader = sitk.ImageSeriesReader()

img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)

reader.SetFileNames(img_names)

image = reader.Execute()

image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x

reader = sitk.ImageSeriesReader()

mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)

reader.SetFileNames(mask_names)

mask = reader.Execute()

mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用用dicom读取单张读取单张dicom图像并显示：图像并显示：

import dicom

import pylab

ds=dicom.read_file("F:\dataset\pancreas\Output\thick\groundtruth\1\FILE0001_seg.dcm")

pixel_bytes = ds.PixelData

##CT值组成了一个矩阵

pix = ds.pixel_array

##读取显示图片

pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)

pylab.show()

如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：

##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData

for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300

if val < 300:

ds.pixel_array.flat[n]=0

ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring()

ds.save_as("newfilename.dcm")

3. 此外，用此外，用pydicom也可读取也可读取dicom图像图像

以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，

也希望大家多多支持我们。

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评论5

陈游泳

2023-07-26

通过这个示例，我成功地读取了dicom图像，感谢作者的指导。

weixin_38626179

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