批量转换nii文件到png图像的Python脚本

"批量转换nii文件到png图像的Python脚本" 在医学影像处理领域，nii文件是一种常见的用于存储MRI或CT扫描数据的格式，由nifti（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）标准定义。PNG则是一种广泛使用的无损压缩图像文件格式，适用于网页和其他需要轻量级图像的地方。本文介绍了一个Python脚本，用于将一个文件夹中的所有nii文件批量转换为PNG图像。 脚本首先导入了几个必要的库：`numpy`用于数组操作，`os`用于文件和目录操作，`nibabel`用于处理nii文件，以及`imageio`用于图像读写。核心函数`nii_to_image`接收一个包含nii文件的文件夹路径作为参数。 在`nii_to_image`函数中，首先使用`os.listdir`列出该文件夹下的所有文件名。接着，对于每个nii文件，通过`nib.load`读取nii数据，并使用`get_fdata`获取实际的图像数据。为了保持组织结构，脚本将根据nii文件名创建相应的子文件夹来保存PNG图像。 在转换过程中，脚本遍历nii数据的第三维（通常是深度或时间序列），并将每个切片（slice）保存为单独的PNG图像。这通过`imageio.imwrite`完成，它接受图像数据和保存路径作为输入。在保存图像前，会根据nii文件的深度（z轴）创建对应数量的PNG文件。 最后，如果脚本被直接运行（而不是作为模块导入），会调用`nii_to_image`函数并传入nii文件和目标PNG图像存放的文件夹路径。这样，所有nii文件都将被转换并按照它们的原始文件名组织在各自的子文件夹中。 这个脚本对于需要处理大量nii格式医学影像的研究人员或开发者来说非常实用，特别是在数据分析、图像处理或机器学习应用中，这些场景通常需要将nii格式转换为更通用的图像格式。此外，脚本的可定制性也允许用户根据需求进行调整，例如添加色彩映射、图像预处理步骤等。