读取读取nii或或nii.gz文件中的信息即输出图像操作文件中的信息即输出图像操作
读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。
import matplotlib
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
file = '' #你的nii或者nii.gz文件路径
img = nib.load(file)
print(img)
print(img.header['db_name']) #输出nii的头文件
width, height, queue = img.dataobj.shape
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()
num = 1
for i in range(0, queue, 10):
img_arr = img.dataobj[:,:,i] plt.subplot(5,4,num)
plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
num += 1
plt.show()
补充知识：补充知识：SimpleITK读取医学图像读取医学图像 .nii 数据（数据（2D显示）显示）
【环境】win10 + python3.6 + SimpleITK
nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如
没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息，就需要一个额外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr,
.img>文件来保存图像的完整信息。
因此，解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI（Neuroimaging Informatics
Technology Initiative）格式
import SimpleITK as sitk
import skimage.io as io
def read_img(path):
img = sitk.ReadImage(path)
data = sitk.GetArrayFromImage(img)
return data
#显示一个系列图
def show_img(data):
for i in range(data.shape[0]):
io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')
print(i)
io.show()
#单张显示
def show_img(ori_img):
io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray')
io.show()
#window下的文件夹路径
path = 'D:\datasets\Naso_GTV\1\data.nii.gz'
data = read_img(path)
show_img(data)
评论0