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HPC集群用户操作手册.pdf
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更新于2023-05-28
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XShell 使用上的技巧、服务器配置的一些安全建议。 这是一些有关XShell 的使用教程,其实也就是SSH 的参考教程,绝大多数的内容在其他 系统或软件上也都是一样的。不同的是参数、配置、命令行之类的,只要会了XShell,其 他也就触类旁通了。
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浙医大 HPC 集群用户手册
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浙医大 HPC 集群
用户手册
Version 1.0
by 郏光奇
Lenovo Present

浙医大 HPC 集群用户手册
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目 录
一、 远程登录工具 XShell 使用方法................................................................................................... 1
1.1、XShell 基本介绍主要内容.................................................................................................... 1
1.2、基本知识................................................................................................................................. 1
二、 LSF 作业调度的使用方法.............................................................................................................. 9
2.1、lsf 作业脚本的编写.............................................................................................................. 9
2.2、提交作业............................................................................................................................... 10
2.3、查看集群中 lsf 可调用的计算资源................................................................................... 11
2.4、查看集群中 lsf 队列信息................................................................................................... 13
2.5、查看 lsf 节点的启动状态................................................................................................... 13
2.6、查看 lsf 作业状态............................................................................................................... 15
2.7、查看 lsf 作业的详细信息................................................................................................... 16
三、 Linux 常用命令说明.................................................................................................................... 17
四、 Linux 平台软件安装方法............................................................................................................ 27
4.1、rpm 安装方法....................................................................................................................... 27
4.2、yum 安装方法........................................................................................................................ 27
4.3、源码编译安装方法............................................................................................................... 29
4.4、python 包安装方法.............................................................................................................. 30
4.5、R 模块安装方法.................................................................................................................... 31
4.6、perl 模块安装..................................................................................................................... 31
五、 环境变量配置................................................................................................................................33
六、Lenovo HPC 平台集群常见问题说明........................................................................................... 34
6.1、 普通用户无法使用 SSH 登录集群..................................................................................... 34
6.2、 普通用户 SSH 登录集群密码错误..................................................................................... 34
6.3、 普通用户 SSH 登录集群后,用户家目录下无文件......................................................... 34
6.4、 普通用户 SSH 登录集群后,登录计算节点和提交作业需要密码................................. 34

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一、 远程登录工具 XShell 使用方法
1.1、XShell 基本介绍主要内容
最简单的使用 -- 登录 SSH 主机
XShell 常用配置的说明
o 复制、粘贴
o 保存会话
o 注销
XShell 的 X11 转发
如何用 XShell 建立 SSH 隧道
常见问题
除了上面的这些,还夹杂了一些 XShell 使用上的技巧、服务器配置的一些安全建议。
这是一些有关 XShell 的使用教程,其实也就是 SSH 的参考教程,绝大多数的内容在其他
系统或软件上也都是一样的。不同的是参数、配置、命令行之类的,只要会了 XShell,其
他也就触类旁通了。
1.2、基本知识
用户需要使用 Baidu 了解 SSH、Telnet、Rlogin 基本概念,熟悉后可以进行下一步的
阅读。
i. 简介
XShell 的 官 方 网 站 : http://www.netsarang.com/products/xsh_overview.html ,
XShell 是一个跨平台的远程登录工具,为了发挥其强大的功能,还有如下程序,包括:
XMing (用来转发 X11 图形界面)
XFtp (文件传输客户端,类似于 FTP 的,只不过使用的是 SSH 的 22 端口,而非
FTP 的 21 端口)
如非特别说明,默认的登录的协议是 SSH。
ii. XShell 安装

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XShell 是一个准绿色软件,说它绿色是因为直接就能使用,完全没有任何的安装程序。
准绿色是指 XShell 的所有配置都保存到了注册表,如果不记得备份注册表中的相关内容,
下次重装机器所有配置就没了,而且配置也不方便用闪存盘随身携带。
iii. 登录远程主机
下载好 XShell 软件后,双机 XShell 图标即可运行 XShell 就可以看到下面这个界面:
安装完成之后,点击桌面 Xshell 4 打开,选择“新建”;
在
这里输入服务器的 IP 或主机名,选择好登录协议,还有协议的端口,如果希望把这次的输
入保存起来,以后就不需要再重新输入了,就在第 4 步输入好会话保存的名称,比如:

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mail-server,或者干脆就是主机的地址,点击保存就可以了。
选择配置好的 VPS 地址,点 “Connect”登录;
最后点下面的 connect 按钮,输入正确的用户名和口令,就可以登录服务器了。
iv. 首次登录一台主机时
第一次登录时,会看到这个对话框:
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