没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
首页医学配准软件和库的安装介绍.pdf
资源详情
资源评论
资源推荐

医学配准软件和相关python库的介绍和安装
1. ants源码安装和使用介绍
1.1 ants介绍
ANTs(Advanced Normalization Tools)是目前配准质量最好的软件 ,是基于c语言写的,运行速度很快
1.2 ants安装
官网上有安装方法介绍:ANTs源码安装;此安装方法适用于 linux和Mac;具体过程如下:
(1)安装git , cmak 和 c++编译器;
(2)在命令行中分别执行以下命令(假设当前目录在主目录下):
(3)设置环境变量,并添加到 .bashrc 或者.profile文件中,即:
(4)激活
source ~/.profile #激活环境变量设置;后面就可以使用了
注意:这个安装过程,充满了玄之又玄的味道;经常会报错,记得按照这个流程多重复几次,或许就可
以安装成功;
1.3 ants使用
(1)使用 antsRegistrationSyN.sh 配准
这个.sh文件在 /home/username/ANTs/Scripts 路径下: 进入这个路径,就可以看到各种各样的.sh文
件,但是较为常用的,就是 antsRegistrationSyN.sh;
git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
mkdir antsbin
cd antsbin
ccmake ../ANTs
make -j 4
1
2
3
4
5
cd #回到home目录,在该目录下会看到.profile和.bashrc文件
vim .profile #打开.profile文件,输入 i ,进行插入编辑;在文件最后加入如下两句:
export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/
export PATH=“$ANTSPATH:$PATH”
#按Esc,shift+ : , w+q保存并退出;
1
2
3
4
5

为了方便调用,最好将 该.sh文件路径添加到 .profile文件中去
a. 添加环境
打开.profile文件,在文件末尾添加下面一行:
b. 使用
参数介绍:
export PATH=$PATH:/home/fangzuliang/ANTs/Scripts
source ~./profile
1
2
anstRegistrationSyN.sh #在linux命令行输入当前命令,即可获取该文件的参数说明信息
antsRegistrationSyN.sh -d 3 -t s -n 10 -f '+templatePath+' -m '+brainPath+' -
o '+outputPath #使用示例
1
2

(2)使用 antsRegistration进行配准
在安装成功ANTs和添加完环境变量后,就可以直接在命令行输入 antsRegistration进行相关查询和使用
参数查询:
具体使用方法可以参考如下示例:
antsRegistration #或者
antsRegistration --help
1
2
剩余10页未读,继续阅读

















安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制

评论0