使用fsl与trackvis对dit进行白质纤维追踪_fslprobtrackt - CSDN文库

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使用 FSL 和 TrackVis 分析 DTI 数据

Alex / 2018-05-21 / free-learner@163.com

弥散加权成像（Diffusion Weighted Imaging, DWI）通过测量水分子的弥散程度来反映水分子所处的

组织结构特点，弥散张量成像（Diffusion Tensor Imaing, DTI）通过张量模型来定量地刻画水分子的弥

散程度，也是最简单的一种模型。作为初学者，总结一下使用 FSL 和 TrackVis 进行 DTI 数据分析的基

本方法，包括涡流/头动校正（eddy current/head motion correction）、张量拟合（tensor fitting）和确

定性纤维束追踪（deterministic tractography）。

一、原始数据准备

（1）将从磁共振扫描仪上采集的原始数据转换成 NIFTI 格式，可以使用 dcm2nii

或者 MRIConvert；

（2）假设转换成 NIFTI 格式后的数据名为 dti_data.nii.gz，此外还会生成两个文本文件，分别表示磁场

梯度施加的强度和方向，这里假设这两个文件分别命名为 bvals 和 bvecs。这两个文本文件的内容如下：

bvals:

bvecs:

（3）bvals 和 bvecs 这两个文件表示什么意思？DWI 的大致原理是在不同方向上施加一个梯度磁场，这

个梯度磁场的强度用 b-value 来表示，b-value 越大、水分子弥散的距离越大、图像信号变化越明显；

DTI 模型总共需要估计六个参数，所以至少需要在 6 个不同方向上施加梯度，梯度方向用 b-vector 来表

示；还需要至少一个没有施加梯度的图像作为参考，常称为 B0 像。上面的 bvals 文件总共 1 行 65 列，

表示总共采集了 65 个图像，第 1 个图像的 b-value 是 0，后 64 个图像的 b-value 是 1000；bvecs 文件

总共有 3 行 65 列，表示在每个图像上所施加的梯度方向。

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