QuantityOne引导DGGE多样性分析详解：步骤与设置

本篇文章详细介绍了如何使用Quantity One软件来分析DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) 的多样性。以下步骤是整个过程的核心： 1. 数据预处理：首先，确保你的原始图像为JPG格式，可能需要将其转换为TIF格式，以便于Quantity One的兼容性。这可以通过常见的图像处理软件如Adobe Photoshop或专门的转换工具完成。 2. 导入数据：将TIF文件导入Quantity One，通过打开命令直接导入。注意检查是否存在灰色命令键的情况，如果需要，安装软件补丁以解锁所有功能。 3. 设置泳道：点击 Lane 命令，进入FrameLanes选项，输入正确的泳道数量，并调整泳道布局，使红色标记线位于中间，确保条带清晰可见。可以使用singlelane-adjust lane功能进行单独的微调。 4. 检测条带：在Band选项下选择detectbands，随后根据软件界面提示调整条带检测参数，如密度和宽度，以确保正确识别条带。 5. 手动调整：软件自动检测后，可能需要手动添加、删除或调整条带，这要求用户的细致观察和耐心操作。褐色框命令用于这个阶段。 6. 匹配条带：点击Match命令进行条带迁移率的匹配，这是整个过程的关键环节，需反复尝试，直到达到满意的结果。若有不匹配，可使用unmatch功能修正，保持冷静操作。 7. 导出报告：match命令完成后，选择Alllanes report，从中选择相应的指标，如复制数据到Excel进行进一步处理。计算多样性指数和其他指标，如复制、粘贴和应用特定模板。 8. 建立进化树：利用Reports中的Phylogenetic tree功能，选择UPGAMA选项进行树形结构构建。确保正确设置对齐方式，如AlignRight，并根据需求取消FitTreeinWindow选项。最后，导出并保存进化树图形。 通过以上步骤，用户可以有效地使用Quantity One对DGGE实验数据进行多样性的分析，得出有价值的信息用于后续的研究和讨论。