mCIR:Matlab中化学标识符的转换解析器
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更新于2024-11-19
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资源摘要信息:"mCIR 是一款为 Matlab 设计的化学标识符解析器工具包,它利用了美国国家癌症研究所(NCI)和计算辅助药物设计(CADD)小组所提供的 CACTVS 化学标识符解析器 API。通过这个 API,mCIR 能够实现不同类型的化学结构标识符之间的转换功能。这类标识符广泛用于化学信息学领域,用以精确描述化学物质的结构和特性。具体来说,mCIR 可以将诸如 IUPAC 名称、化学式、标准的 InChiKey、标准的 InChI、SMILES(简化分子输入线性表示法)、CAS 登记号和名称等不同形式的化学标识符进行相互转换。"
知识点详述:
1. Matlab 开发环境:Matlab 是一款广泛应用于工程计算、数据分析、算法开发和仿真的高级编程语言和交互式环境。Matlab 提供了丰富的内置函数和工具箱,支持矩阵运算、函数绘图、数据分析、算法实现等功能。在科学计算和工程领域拥有广泛的应用基础。
2. NCI/CADD CACTVS 化学标识符解析器 API:CACTVS 是一个功能强大的化学信息系统,它提供了一组广泛的服务和功能,以支持各种化学数据的处理、存储和检索。NCI(美国国家癌症研究所)和 CADD(计算辅助药物设计)小组合作开发的 API,为 Matlab 等编程环境提供了直接访问这些功能的接口。这意味着 Matlab 用户可以利用这个 API 来处理化学数据和实现化学结构的转换。
3. 化学标识符转换:在化学信息学领域,化学物质的结构通常需要通过特定的编码系统来表示。不同的编码系统有着不同的用途和特点。例如,SMILES 是一种线性表示法,用于简洁地描述分子结构;CAS 登记号是一种国际上通用的化学品编号系统。mCIR 通过解析不同的化学标识符,能够帮助研究者和开发者在不同的编码系统之间转换化学信息,从而促进数据的兼容性和共享。
4. IUPAC 名称、化学式、InChiKey、InChI 和 SMILES:这些是化学领域中最常见的几种化学物质的表示方法。IUPAC 名称是一种根据国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)制定的规则命名的化学物质的系统化名称;化学式则展示了化合物中各元素的原子数;InChiKey 和 InChI 是由国际纯化学和应用化学联合会(IUPAC)支持的国际非专利名称(International Chemical Identifier)的编码形式,InChI 是一个结构化字符串,而 InChiKey 是 InChI 的一种缩短版本,易于进行搜索和信息检索;SMILES 是一种用字符串表示化学结构的简明方式,易于计算机处理和通信。
5. CAS 登记号和名称:CAS 登记号(Chemical Abstracts Service Registry Number)是为化学物质指定的一个唯一数字标识,用于引用和检索化学信息。每种化学物质都有一个唯一的 CAS 号,这对于追踪和管理化学物质至关重要。CAS 名称则是与之对应的化学物质的详细描述。
通过 mCIR,Matlab 用户可以更容易地在这些不同的化学标识符之间进行转换,这对于化学信息学研究、药品研发、毒理学分析等众多科学领域具有重要意义。此外,由于 Matlab 是一个跨平台的开发环境,这意味着 mCIR 工具包能够运行在不同的操作系统上,为广泛的科研人员和工程师提供帮助。
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