Python生物信息学：读写晶体结构文件-PDB解析

"这篇文档是关于使用BioPython库读取和操作晶体结构文件，特别是PDB格式的文件。文中详细介绍了如何使用PDBParser类来解析PDB文件，并获取其中的结构信息。此外，还提到了PDB文件的header部分以及如何通过Structure对象访问这些信息。" 在晶体结构分析中，BioPython是一个非常重要的工具，它提供了处理生物学数据的强大功能，特别是对于蛋白质结构数据。在标题提到的"晶体结构文件的读与写"这一主题中，我们关注的是如何利用BioPython处理PDB（蛋白质数据银行）文件。PDB文件是存储蛋白质、核酸和其他大分子三维结构的标准格式。 11.1.1部分详细讲解了如何读取PDB文件。首先，需要导入`Bio.PDB.PDBParser`模块，并创建一个`PDBParser`对象，可以设置`PERMISSIVE`参数来忽略PDB文件中的一些问题。然后，通过调用`get_structure`方法，传入结构ID和文件名，即可得到一个`Structure`对象。这个对象包含了PDB文件中的所有结构信息。 PDBParser的`get_header`和`get_trailer`方法可以用来提取PDB文件的头部和尾部信息，但通常头部信息可能不完整或存在错误。因此，如果需要更准确的数据，建议使用mmCIF格式，因为它提供了更详尽且校正过的信息。 在结构对象中，`header`属性是一个字典，包含了PDB文件头部的记录和它们对应的值。例如，可以从中获取分辨率（resolution）和关键词（keywords）等关键信息。字典中还有其他键，如name、head、deposition_date、release_date、structure_method、resolution、structure_reference、journal_reference、author和compound，这些键分别对应着结构的名称、标题、提交日期、发布日期、结构测定方法、分辨率、结构相关的参考文献、作者信息以及结晶化合物的详细数据。 这篇文档出自Biopython的中文教程，由多个贡献者共同翻译和校对，旨在帮助生物信息学研究者更好地理解和使用Biopython库。教程覆盖了从基础的安装到高级的使用案例，为用户提供了一个全面了解和掌握BioPython的资源。如果你在使用过程中遇到任何问题，可以在提供的GitHub项目主页上提交错误信息或进行修正，也可以加入相关的QQ群进行交流和讨论。