Snakemake自动化管道_HPPRNA实现RNA-Seq高效分析

该工具能够处理从头到尾的分析流程，适用于多个样本。它的主要功能包括生成基因/异构体表达矩阵、差异表达基因、样本簇，以及检测SNP和融合基因。 HppRNA的六个核心工作流程分别为： 1. Tophat - Cufflink - Cuffdiff，这三个工具联合使用，能够对转录本进行比对、表达量估计及差异表达分析。 2. Subread - featureCounts - DESeq2，该流程通过Subread进行读取比对，featureCounts进行读取计数，DESeq2进行差异表达分析。 3. STAR-RSEM-EBSeq，STAR用于高质量的RNA-Seq比对，RSEM进行表达量估计，EBSeq进行差异表达检测。 4. 领结-eXpress-edgeR，使用领结进行转录本比对，eXpress进行读取计数，edgeR进行差异表达分析。 5. kallisto - sleuth，kallisto是一款快速的转录本比对和表达量估计工具，sleuth用于差异表达分析。 6. HISAT - StringTie - Ballgown，HISAT进行读取比对，StringTie用于表达量估计，Ballgown提供数据分析及可视化。 HppRNA支持分析蛋白质编码基因、lncRNA和circRNA，它将多个先进软件集成在一起，简化了RNA-Seq的分析过程，使得没有专业生物信息学背景的研究者也能够方便地进行数据分析。使用HppRNA时，用户不需要设置参数，这大大降低了数据处理的复杂性并提高了工作效率。 该软件的第一个版本已经包括了上述工作流程，而后续版本可能会包含更多功能和改进。使用该软件的用户应当在相关的研究论文中引用王大鹏的论文，以便于追踪其研究背景和管道的详细介绍。"