point1 x point1 y [point1 z]
point2 x point2 y [point2 z]. . .
第一行说明给定的点可以是固定图像的指标也可以是物理坐标系中的点。
第二行存储了将要指定的点的个数,接着给出点的值。
transformix输入点除了可以是一般的txt格式还支持vtk文件:
transformix -def inputPoints.vtk -out outputDirectory -tp
TransformParameters.txt
输出文件的格式保存为outputpoints.vtk,目前,vtk文件任然有一点限制,
仅支持带有三角形网络的ASCII文件,输出文件中丢失很多变化点数据。
如果你想知道固定图像中所有像素点的变化,可以使用-def命令:
transformix -def all -out outputDirectory -tp
TransformParameters.txt
变形场被储存在向量图像 deformationField.m一个体素包含位移向量
Tμ(x),x-物理坐标轴。向量的元素存储为@oat型。
除了计算变形场,transmix还可以计算变形的空间雅克比行列式。空间雅
克比行列式在识别局部压缩或者膨胀是很有用的,例如在肺通气的研究中。雅
克比行列式可以计算整幅图像,使用以下命令:
transformix -jac all -out outputDirectory -tp
TransformParameters.txt
计算完整的雅克比空间矩阵还可以用如下命令:
transformix -jacmat all -out outputDirectory -tp
TransformParameters.txt
每一个体素将用d×d的矩阵填充,d是图像的维数,来代替简单的标量值。
行命令-threads unsigned int可以定义transformix的最大线程。
4.3 变形参数文件
配 准 的 结 果 是 固 定 图 像 和 浮 动 图 像 的 变 形 Tμ 。 变 形 参 数 存 储 在
TransformParameters.?.txt文件中。附录B中有一个刚性的2D变形的例子。
文件包含所有对固定图像进行重采样到文件的指定区域。
变形参数文件可以由使用者手动编辑或者建立。多参数变形是通过利用
InitialTransformParametersFileName tag.应用其他变性参数文件迭代完成