GPCR-Bench基准测试集：高质量GPCR对接数据集详解

资源摘要信息:"GPCR-Bench是一个提供高质量GPCR（G蛋白偶联受体）对接基准测试集的平台。GPCR是一类重要的细胞表面受体，参与多种生物信号的传递，对于药物发现和生物医学研究具有重要的作用。GPCR-Bench集成了截至2015年1月的25种PDB（蛋白质数据银行）结构，这些结构覆盖了所有已知的NR（非视紫红质）结构，并结合了DUD（Directory of Useful Decoys）数据集中的活性和诱饵化合物。DUD数据集是一种广泛使用的基准测试集，它包含活性分子和精心挑选的、结构多样化但生化上不相关的诱饵分子，用于评估分子对接和虚拟筛选方法。 GPCR-Bench平台允许用户根据选定的GPCR目标下载相关的测试集文件，也可以下载全部文件以进行广泛的比较研究。平台提供的测试集包含了Receptor_chembl19_set.sdf.bz2和Receptor_chembl19_set.smi两个文件，分别用于分子的3D坐标数据和字符串数据。 Receptor_chembl19_set.sdf.bz2文件包含了标定集中所有分子的3D坐标，其中包括约200个活性物和约10000个诱饵。这些分子使用MoKa和CORINA软件进行配体准备，利用TAUTHOR软件生成最小丰度阈值为20％的互变异构态，使用BLABBER软件在pH 7.4时生成最小丰度阈值为10％的离子态。所有低能3D构象是通过CORINA软件创建的，每个分子最多包含10个在约2 kcal/mol能量窗口中的环构象。 Receptor_chembl19_set.smi文件包含了基准测试集中所有分子的字符串，这同样包括约200个活性成分和约10000个诱饵分子的数据。这种格式便于用户快速浏览和处理分子信息，如名称、化学式和结构等。 GPCR-Bench不仅为GPCR相关的分子对接、虚拟筛选和药物设计等研究工作提供了基准数据，还为比较不同计算方法的效果提供了一个标准。该平台的构建有助于推动GPCR相关的研究进展，并促进相关领域内计算方法的发展。通过使用这些高质量的基准测试集，研究人员可以更加精确地评估新开发的算法和工具，从而加速药物发现的进程。"