Perl实战：入门级FASTA文件序列长度与GC含量计算

在Perl语言入门实战习题中，我们将会探索两个与生物信息学相关的任务：计算FASTA文件中每条序列的长度以及计算GC含量。FASTA（File Format for Protein/DNA/Nucleotide Sequence）是一种常见的生物序列数据存储格式，每条序列前都有一个标识符（ID），后接序列本身，通常以">"符号分隔。 1. **计算序列长度** - Perl代码首先检查命令行参数是否正确，要求有两个参数：输入的FASTA文件名和输出的长度文件名。 - 使用`open`函数打开输入文件，设置输入记录分隔符`$/`为">"，以便逐行读取序列。 - 在循环中，每次读取一行（包含序列ID和序列），通过正则表达式提取序列ID（第一组括号内的内容）和序列内容。 - 去除序列ID的">"，删除第一行（通常为空或仅包含序列ID），并删除序列中的空白字符。 - 通过`length`函数计算序列的长度，并将结果格式化为`ID\t长度`的形式写入输出文件。 - 最后，将输入记录分隔符恢复为默认值，并关闭文件句柄。 2. **计算GC含量** - 这个任务类似，同样检查命令行参数，然后读取FASTA文件，但这次要统计每个序列中G和C的总数，以得到GC含量。 - 读取到序列后，遍历序列，使用`g`和`c`正则表达式匹配G和C，并累加计数。 - 计算GC比例（GC含量/总碱基数），然后将其写入输出文件，格式为`ID\tGC含量`。 这两个示例展示了Perl在处理文本数据和进行基本的生物信息学计算中的实用技巧，包括文件操作、正则表达式、变量赋值和文件I/O。对于初学者来说，通过实际编写和执行这些代码，可以更好地理解和掌握Perl语言的基本语法和功能，同时增强编程实践能力。在实际操作中，需要注意不同操作系统间的文件路径问题，如Windows和Linux下的差异，以及正确处理命令行参数传递。