Cytoscape3.5.0用户手册：网络分析与构建指南

Cytoscape3_5_0Manual.pdf提供了关于Cytoscape软件的详细使用指南，包括软件介绍、启动方法、命令行参数、快速浏览Cytoscape的各项功能，以及创建网络、处理嵌套网络和支持的网络文件格式等。 Cytoscape是一款强大的网络分析和可视化工具，主要应用于生物信息学领域，如蛋白质相互作用网络、基因调控网络的分析。用户可以通过多种方式导入网络数据，包括固定格式的网络文件、未格式化的表格文件、公共数据库，甚至直接通过内置编辑器创建新的网络。软件支持多种网络描述格式，如SIF、NNF、GML、XGMML、SBML、BioPAX、PSI-MI、GraphML以及逗号分隔的文本表和Excel工作簿。 在Cytoscape中，用户可以轻松管理网络，包括查看、编辑和操作网络节点与边。软件界面包含多个菜单，如“File”、“Edit”、“View”、“Layout”等，这些菜单提供了对网络的基本操作和高级分析功能。例如，“Network Management”部分讲述了如何组织和控制网络视图，而“View Navigator”则帮助用户在不同的网络视图之间导航。 创建网络时，用户可以从已有的固定格式文件导入，也可以从无格式的表格数据中导入，比如通过Tab分隔的文本文件或Excel。此外，Cytoscape提供了一种方法，可以检索并整合多个公共数据库中的蛋白质相互作用网络。对于新手，手册中给出了一个示例，演示了如何从多个数据库中检索蛋白质-蛋白质相互作用网络。 Cytoscape还支持构建嵌套网络，即在网络中包含其他子网络，这对于展示复杂的关系层次非常有用。可视化方面，软件提供了多种方法来呈现嵌套网络，以帮助用户更好地理解网络结构。 最后，手册详细列出了Cytoscape支持的各种网络文件格式，每种格式都有其特点和适用场景。例如，SIF格式简单易读，常用于蛋白质相互作用网络；GML和XGMML则提供了更丰富的元数据描述；SBML和BioPAX用于系统生物学模型的交换；而GraphML是一种通用的图形数据格式。 Cytoscape3.5.0的手册是学习和掌握这款强大工具的重要资源，无论是初学者还是经验丰富的用户，都能从中找到所需的信息，以高效地进行网络分析和可视化。