NTSYS遗传相似性系数计算与聚类分析详解

本篇文章详细介绍了NTSYS软件在遗传相似性系数计算与聚类分析中的操作步骤，旨在帮助非专业用户理解和进行生物数据分析。以下是关键步骤的详细说明： 1. 数据准备： 首先，确保数据已转换为Microsoft Excel 5.0/95格式，表格结构包括带标记（如"有带"、"无带"和"缺带"），位点总数，以及材料数量。数据应清晰排列，便于后续处理。 2. 数据导入与预处理： 使用Ntedit工具打开数据，确保正确识别并处理缺失值，将其替换为特定表示缺带的数值，如空白或特定数值，如图所示。 3. 数据转换： 将处理后的数据转换为NTSYS所需的.nts格式，这是软件识别和分析的基础文件格式。 4. 设置相似性分析： 打开NTSYS界面，选择"similarity"选项下的"Qualitativedata"，加载之前转换的.nts文件。在"inputfile"和"output file"字段中，通过双击指定输入和输出文件名，并注意文件管理，避免混淆。 5. 计算相似系数： 可选择常用的方法，如SM系数和J系数，点击"compute"按钮进行计算。计算完成后，可以编辑相似系数，以进一步定制分析需求。 6. 聚类分析： 进行聚类分析时，选择"clustering"选项，然后选择Shan按钮。在这个阶段，用户可以选择聚类类型，通常默认即可。输入先前计算的相似系数文件（如shanJ.nts），生成新的聚类结果文件。 7. 生成聚类图： 最后一步是创建聚类图。在"Graphics"下的"Tree plot"选项中，输入shanJ.nts文件，这将生成一个展示材料间遗传关系的树状图，直观显示样本间的聚类情况。 通过以上步骤，即使是初学者也能逐步完成NTSYS遗传相似性系数的计算和聚类分析。在实际操作中，注意文件管理和记录每个步骤，以确保数据准确性和分析的连贯性。