Cytoscape 10.05入门教程：导入网络与布局操作

Cytoscape是一款专为网络可视化和分析设计的开源软件，由多个知名科研机构共同开发，最初主要用于生物学领域，特别是整合和分析分子间的相互作用网络，如蛋白质和基因等。其核心功能包括基础的网络布局和数据查询，通过插件系统不断扩展，以适应生物信息学的快速发展。 安装Cytoscape时，用户需要考虑系统性能，如内存消耗和栈大小分配，以确保软件的顺畅运行。界面简洁明了，分为File（文件）、Edit（编辑）、View（视图）、Select（选择）、Layout（布局）、Plugins（插件）和Help（帮助）等菜单，提供了丰富的操作选项。 在入门阶段，用户首先会打开Cytoscape主界面，看到一个包含网络的窗口。例如，通过File菜单导入网络文件，如RUAL.subset.sif，这是一个包含419个人类蛋白质间1089个相互作用的网络，其中TP53是一个关键的癌症研究转录因子。导入后，用户可以使用Spring Embedded Layout进行布局，然后通过鼠标交互选择和拖动节点或边，甚至可以选择边或节点和边进行多选。 Cytoscape的重要特点是能够处理复杂的数据，如网络、节点、边和关联的功能注释，它允许用户将网络与各种类型的数据文件、表型和其他分子状态信息关联起来。网络中的节点通常代表分子（如蛋白质或基因），而边则表示它们之间的相互作用或关联。 Cytoscape的发展得到了多个实验室的支持，如Leroy Hood实验室、Trey Ideker实验室等，这些机构在软件的开发和应用中起到了关键作用。用户可以通过访问官方网站<http://www.cytoscape.org>获取更详细的信息，包括软件的最新版本、教程和社区支持。 至于许可方面，Cytoscape作为开源软件，通常是遵循某种开源许可证，如GNU General Public License (GPL)，用户可以在尊重版权的前提下自由地使用、修改和分发软件。了解具体的许可证条款对于合法使用Cytoscape至关重要。