利用Glycosyltransferase探索子宫内膜癌的预后和诊断标志物

"文章探讨了糖基转移酶相关的预后和诊断生物标志物在子宫体子宫内膜癌中的应用，并提供了补充代码进行数据分析。" 在医学研究中，糖基转移酶（Glycosyltransferases）是一类重要的酶，它们参与生物大分子如蛋白质和脂质的糖链修饰。这些修饰可以影响细胞的生物学功能，包括细胞间的相互作用、信号传导、免疫反应以及肿瘤的进展和扩散。本研究关注的是糖基转移酶在子宫体子宫内膜癌（Uterine Corpus Endometrial Carcinoma, UCEC）中的预后和诊断意义。 描述中的代码片段是用于分析TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据集的R语言脚本，目的是识别与预后相关的差异表达基因（DEGs）。首先，通过`limma`包来处理TPM（Transcripts Per Million）数据，然后使用`model.matrix`和`lmFit`函数构建线性模型并进行方差分析。`eBayes`函数用于贝叶斯校正以提高统计功效。`topTable`函数用于筛选出FDR（False Discovery Rate）校正后的p值小于0.05且log fold change（LFC）大于1的基因，这些基因被认为是显著差异表达的。 接下来，代码对数据进行过滤，只保留那些在至少75%样本中都有表达的基因，以确保后续分析的稳健性。然后，根据生存数据（'TCGA-UCEC.survival.tsv'）进一步筛选数据，可能是为了进行生存分析，比如Kaplan-Meier曲线或Cox比例风险模型，以评估这些DEGs与患者存活期的关系。 这部分代码展示了如何利用R语言和相关生物信息学工具从大型癌症数据库中挖掘潜在的预后和诊断生物标志物。通过这样的分析，研究人员可能能够找到糖基转移酶相关基因，这些基因可能作为UCEC的治疗靶点或预测患者预后的生物标记物，从而改进临床决策和个体化治疗策略。