Matlab实现AHBA基因数据处理及分析
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更新于2024-12-25
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资源摘要信息:"期权matlab代码-AHBAprocessing:AHBA处理"
知识要点如下：
1. AHBA处理背景介绍：
艾伦人脑图谱（Allen Human Brain Atlas，简称AHBA）是一个大型的基因表达数据集，旨在提供人脑中基因活动的详细图谱。这个项目由艾伦脑科学研究所发起，是神经科学研究中重要的数据资源，被广泛应用于基因-脑关系的研究中。
2. Matlab代码应用：
Matlab是一种广泛使用的多范式数值计算环境和第四代编程语言。该代码库提供了专门用于处理AHBA数据集的Matlab脚本和函数，帮助研究者和科学家进行数据处理和分析。
3. 代码验证：
代码已经在Matlab的几个版本（Matlab 2016b、2017b、2018a）中进行了验证，这表明了代码的稳定性和兼容性，确保了研究者可以在这些版本上运行代码而不会遇到兼容性问题。
4. 引用要求：
在使用该代码进行研究和分析后，需要引用随附文件中提及的论文，以承认原始贡献者的学术贡献，这也是学术界通行的道德规范。
5. 数据和代码更新记录：
代码和数据集会定期更新以修正错误或包含新的研究发现。例如，2020年4月的更新中指出了cust100和cust250分区中的不准确之处，并生成了新的随机碎片数据。此外，2018年8月的更新解决了之前版本中的基因排序问题。
6. ROI基因矩阵的排序问题：
在早期版本的代码中，ROI x 基因矩阵中的基因排序与probeInformation结构中提供的基因信息不一致。这一问题后来得到了修正，因此使用早期版本处理过的数据需要重新使用更新后的代码进行处理，以确保数据的准确性。
7. 开源系统标签：
标签"系统开源"暗示了代码库的开放性，意味着任何感兴趣的研究者都可以访问、使用、修改和分发该代码库，这是促进科学研究共享和合作的重要方式。
8. 文件名称列表说明：
提供的文件名称“AHBAprocessing-master”表明了代码库是一个以git进行版本控制的项目，其中“master”通常指的是项目的主分支，它包含着最新的稳定代码。
在进行AHBA数据集处理时，研究者需要具备一定的Matlab编程知识和对人脑基因表达数据的理解能力。此外，更新和维护代码库需要关注作者提供的变更记录，以确保使用最新、最准确的数据和算法进行分析。通过这种方式，研究人员可以更有效地分析AHBA数据，进而推进在认知神经科学、基因组学以及其他相关领域的研究工作。
资源目录
Matlab实现AHBA基因数据处理及分析 （450个子文件） 
GW_Maths.h 17KB eucdist2.dll 49KB tnt_array2d.h 10KB fm2dAniso.h 18KB GW_VectorND.h 13KB GW_VRMLLoader.cpp 5KB GW_FaceIterator.cpp 4KB GW_GeodesicVertex.h 7KB GW_MatrixNxP.h 24KB plytest.c 8KB fib.cpp 12KB fibtest.c 2KB GW_GeometryCell.cpp 2KB GW_GeodesicVertex.cpp 5KB perform_front_propagation_2d_mex.cpp 3KB GW_GeodesicPoint.cpp 2KB GW_Config.h 13KB GW_InputOutput.h 9KB GW_Config.cpp 1KB tnt_fortran_array2d.h 8KB perform_front_propagation_2d.cpp 9KB GW_VertexIterator.cpp 6KB jama_lu.h 7KB GW_TriangularInterpolation_Cubic.cpp 15KB GW_GeodesicDisplayer.cpp 14KB GW_Mesh.cpp 29KB perform_front_propagation_3d.def 63B stdafx.cpp 203B GW_MatrixStatic.h 28KB perform_front_propagation_mesh.cpp 7KB jama_qr.h 7KB perform_circular_front_propagation_2d.cpp 3KB GW_GeodesicPath.cpp 12KB plyfile.cpp 69KB fibtest2.c 2KB GW_VectorStatic.h 12KB jama_eig.h 29KB GW_VoronoiMesh.h 9KB GW_Serializable.h 6KB stdafx.cpp 203B .gitignore 31B perform_front_propagation_3d_old.cpp 8KB GW_Parameterization.h 10KB use.c 2KB GW_Matrix3x3.h 12KB stdafx.cpp 203B perform_front_propagation_3d - copie.cpp 11KB GW_Vertex.cpp 18KB GW_TriangularInterpolation_Quadratic.cpp 9KB GW_TriangularInterpolation_Linear.cpp 4KB GW_Mesh.h 6KB GW_GeodesicMesh.cpp 5KB GW_PLYLoader.cpp 11KB GW_ASELoader.cpp 10KB GW_GeodesicFace.cpp 4KB style.css 1KB GW_TriangularInterpolation.cpp 14B GW_MathsConfig.h 11KB GW_Vertex.h 7KB perform_front_propagation_3d.cpp 9KB perform_front_propagation_mesh.def 65B GW_Quaternion.h 16KB perform_front_propagation_anisotropic.cpp 2KB GW_VoronoiVertex.cpp 3KB perform_front_propagation_2d.def 63B GW_SparseMatrix.h 13KB GW_InputOutput.cpp 2KB fm2dAniso.cpp 4KB GW_OFFLoader.cpp 4KB tnt_fortran_array1d.h 8KB perform_front_propagation_anisotropic.cpp 3KB GW_Matrix2x2.h 6KB skeleton.dll 55KB tnt_array1d.h 9KB GW_PolygonIntersector.h 14KB perform_front_propagation_2d.cpp 9KB eucdist2.c 9KB GW_GeometryAtlas.cpp 9KB perform_front_propagation_3d_mex.cpp 3KB tnt_cmat.h 11KB ply.h 9KB tt.c 1KB GW_Matrix4x4.h 19KB perform_circular_front_propagation_2d.def 72B trackball.cpp 19KB tnt_array3d.h 10KB GW_BasicDisplayer.cpp 14KB skeleton.cpp 12KB GW_VoronoiMesh.cpp 48KB tnt_vec.h 7KB main.cpp 1KB GW_Parameterization.cpp 49KB jama_svd.h 15KB GW_GeodesicMesh.h 6KB GW_SmartCounter.cpp 2KB tnt_fortran_array3d.h 9KB ply.c 87KB GW_OBJLoader.cpp 6KB GW_Toolkit.cpp 17KB GW_Face.cpp 2KB共 450 条
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