全分支PAML：自动化执行系统发育树分支选择测试的工具

它允许研究人员为每个分支选择指定的模型集，并通过运行codeml程序来执行模型间的似然比检验（LRT）。该工具由Qiyun Zhu和Katharina Dittmar开发，隶属于美国布法罗纽约州立大学布法罗大学生物科学系。该工具的具体版本为0.1.1，旨在简化并自动化选择测试过程，从而无需手动编辑输入文件，自动为每个分支插入必要的标签，并执行相关的分析工作。 关键知识点包括： 1. 系统发育树分析：在生物学中，系统发育树是一种表示物种之间进化关系的图示，通常表现为一个分支结构，其中每个节点代表一个共同祖先，每个分支代表后代的进化线。在系统发育树中，分支代表了物种的进化历史，可以用来推测物种之间的亲缘关系以及基因或蛋白质序列的演化。 2. 选择测试：在进化生物学领域，选择测试是用来判断序列数据中是否存在自然选择作用的一种方法。通过比较不同进化模型的拟合程度，研究人员可以推断出哪些序列或者分支上可能发生了适应性进化。 3. 似然比检验（LRT）：似然比检验是一种统计方法，用于比较两个统计模型的拟合优度，其中一个模型是另一个模型的简化版本。在进化生物学中，LRT常被用于模型选择，判断一个更复杂的模型是否显著优于一个较简单的模型。如果LRT结果的p值很小（通常小于0.05），则认为复杂模型显著优于简单模型。 4. PAML：PAML（Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood）是一套用最大似然法进行分子进化学分析的程序集，广泛用于推断DNA和蛋白质序列的演化速率及其它进化特征。它包含了多个不同的程序，其中codeml是用来对蛋白质编码序列进行正向选择分析的常用工具。 5. codeml.ctl文件：这是一个包含codeml运行参数的配置文件，允许用户设置多种进化模型参数，以供分析时使用。 6. 前景欧米茄 (dN/dS) 值：dN/dS比率是指非同义替换率（dN，即非同义突变率）与同义替换率（dS，即同义突变率）的比值，通常用来估计正向选择或负向选择对基因序列的影响。dN/dS大于1通常意味着该基因或位点正在经历正向选择作用。 7. 自动化管道：在本上下文中，自动化管道是指一系列预先设计好的步骤或脚本，用于自动化执行重复和复杂的生物信息学分析任务。All-Branch-PAML管道自动为每个分支插入标签并运行codeml程序，减少了用户手动操作的需要，提高了工作效率。 ***：这是一种编程语言，经常用于开发Windows平台上的应用程序。All-Branch-PAML程序可能使用***编写，说明了其开发语言背景。"