全分支PAML：自动化执行系统发育树分支选择测试的工具

资源摘要信息:"All-Branch-PAML是一个专门设计用于在系统发育树的每个分支上进行选择测试的自动化分析工具。它允许研究人员为每个分支选择指定的模型集，并通过运行codeml程序来执行模型间的似然比检验（LRT）。该工具由Qiyun Zhu和Katharina Dittmar开发，隶属于美国布法罗纽约州立大学布法罗大学生物科学系。该工具的具体版本为0.1.1，旨在简化并自动化选择测试过程，从而无需手动编辑输入文件，自动为每个分支插入必要的标签，并执行相关的分析工作。 关键知识点包括： 1. 系统发育树分析：在生物学中，系统发育树是一种表示物种之间进化关系的图示，通常表现为一个分支结构，其中每个节点代表一个共同祖先，每个分支代表后代的进化线。在系统发育树中，分支代表了物种的进化历史，可以用来推测物种之间的亲缘关系以及基因或蛋白质序列的演化。 2. 选择测试：在进化生物学领域，选择测试是用来判断序列数据中是否存在自然选择作用的一种方法。通过比较不同进化模型的拟合程度，研究人员可以推断出哪些序列或者分支上可能发生了适应性进化。 3. 似然比检验（LRT）：似然比检验是一种统计方法，用于比较两个统计模型的拟合优度，其中一个模型是另一个模型的简化版本。在进化生物学中，LRT常被用于模型选择，判断一个更复杂的模型是否显著优于一个较简单的模型。如果LRT结果的p值很小（通常小于0.05），则认为复杂模型显著优于简单模型。 4. PAML：PAML（Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood）是一套用最大似然法进行分子进化学分析的程序集，广泛用于推断DNA和蛋白质序列的演化速率及其它进化特征。它包含了多个不同的程序，其中codeml是用来对蛋白质编码序列进行正向选择分析的常用工具。 5. codeml.ctl文件：这是一个包含codeml运行参数的配置文件，允许用户设置多种进化模型参数，以供分析时使用。 6. 前景欧米茄 (dN/dS) 值：dN/dS比率是指非同义替换率（dN，即非同义突变率）与同义替换率（dS，即同义突变率）的比值，通常用来估计正向选择或负向选择对基因序列的影响。dN/dS大于1通常意味着该基因或位点正在经历正向选择作用。 7. 自动化管道：在本上下文中，自动化管道是指一系列预先设计好的步骤或脚本，用于自动化执行重复和复杂的生物信息学分析任务。All-Branch-PAML管道自动为每个分支插入标签并运行codeml程序，减少了用户手动操作的需要，提高了工作效率。 ***：这是一种编程语言，经常用于开发Windows平台上的应用程序。All-Branch-PAML程序可能使用***编写，说明了其开发语言背景。"