全分支PAML:自动化执行系统发育树分支选择测试的工具
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更新于2024-11-09
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它允许研究人员为每个分支选择指定的模型集,并通过运行codeml程序来执行模型间的似然比检验(LRT)。该工具由Qiyun Zhu和Katharina Dittmar开发,隶属于美国布法罗纽约州立大学布法罗大学生物科学系。该工具的具体版本为0.1.1,旨在简化并自动化选择测试过程,从而无需手动编辑输入文件,自动为每个分支插入必要的标签,并执行相关的分析工作。
关键知识点包括:
1. 系统发育树分析:在生物学中,系统发育树是一种表示物种之间进化关系的图示,通常表现为一个分支结构,其中每个节点代表一个共同祖先,每个分支代表后代的进化线。在系统发育树中,分支代表了物种的进化历史,可以用来推测物种之间的亲缘关系以及基因或蛋白质序列的演化。
2. 选择测试:在进化生物学领域,选择测试是用来判断序列数据中是否存在自然选择作用的一种方法。通过比较不同进化模型的拟合程度,研究人员可以推断出哪些序列或者分支上可能发生了适应性进化。
3. 似然比检验(LRT):似然比检验是一种统计方法,用于比较两个统计模型的拟合优度,其中一个模型是另一个模型的简化版本。在进化生物学中,LRT常被用于模型选择,判断一个更复杂的模型是否显著优于一个较简单的模型。如果LRT结果的p值很小(通常小于0.05),则认为复杂模型显著优于简单模型。
4. PAML:PAML(Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood)是一套用最大似然法进行分子进化学分析的程序集,广泛用于推断DNA和蛋白质序列的演化速率及其它进化特征。它包含了多个不同的程序,其中codeml是用来对蛋白质编码序列进行正向选择分析的常用工具。
5. codeml.ctl文件:这是一个包含codeml运行参数的配置文件,允许用户设置多种进化模型参数,以供分析时使用。
6. 前景欧米茄 (dN/dS) 值:dN/dS比率是指非同义替换率(dN,即非同义突变率)与同义替换率(dS,即同义突变率)的比值,通常用来估计正向选择或负向选择对基因序列的影响。dN/dS大于1通常意味着该基因或位点正在经历正向选择作用。
7. 自动化管道:在本上下文中,自动化管道是指一系列预先设计好的步骤或脚本,用于自动化执行重复和复杂的生物信息学分析任务。All-Branch-PAML管道自动为每个分支插入标签并运行codeml程序,减少了用户手动操作的需要,提高了工作效率。
***:这是一种编程语言,经常用于开发Windows平台上的应用程序。All-Branch-PAML程序可能使用***编写,说明了其开发语言背景。"
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