NCBI使用教程：基因序列到BLAST比对

"NCBI使用教程，包括查找DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、启动子、引物设计和BLAST序列比对" 这篇资源提供了一个详细的教程，旨在帮助初学者熟悉如何使用美国国立生物技术信息中心（NCBI）进行生物学研究。NCBI是一个极其重要的在线数据库，对于生物学和医学领域的研究人员至关重要。 一、查找基因序列、mRNA、启动子（Promoter） 首先，通过访问Map Viewer页面（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html），用户可以搜索特定物种的基因，例如IL6（人类白细胞介素6）。在搜索框中输入目标基因，然后点击“GO”。在结果页面上，勾选“Gene”选项进行过滤，显示目的基因在染色体上的位置。Map Viewer会显示不同部门的参考序列，尽管存在微小差异，但通常不影响实际研究。 二、查找连续的mRNA、cDNA、蛋白质序列 虽然教程中未详细说明这部分内容，但在NCBI中，可以通过GenBank或Entrez Nucleotide数据库查找mRNA和cDNA序列，而蛋白质序列则可以在蛋白质数据库（Protein）中检索。输入基因名称或 accession number，系统会返回相关的核酸和蛋白质序列。 三、运用STS查找已公布的引物序列 简单串联重复序列（Short Tandem Repeat, STS）标记可以帮助定位基因组中的特定位置。在NCBI的Genome或者Marker数据库中，可以查找与引物设计相关的STS信息，这对于分子生物学实验如PCR非常有用。 四、如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI的一个核心工具，用于比较输入的序列与数据库中的序列。为了比对序列，用户可以在BLAST主页上上传序列，选择合适的比对程序（如blastn for DNA，blastp for protein），然后设置参数。BLAST报告会显示出相似性最高的序列匹配，评估引物的特异性。 总结： NCBI是一个综合性的生物信息学资源库，提供了丰富的序列数据和强大的分析工具。通过学习这个教程，初学者可以逐步掌握如何利用NCBI进行基因序列查询、引物设计、序列比对等基础生物学研究工作。同时，高级用户也可以分享他们的经验，共同提升在这个平台上的工作效率。