生物信息学入门：基本Unix环境与工具指南

本资源是一份针对生物信息学和生物学专业人士的Linux基础教程，由Paul Stothard撰写，发布日期为2016年1月17日。主要内容分为五个部分： 1. **入门介绍**：这部分首先阐述了学习Linux的基本原因和重要性，对于生物信息学领域中的数据处理、分析和协作工作具有关键作用。 2. **开始使用**： - **获取Linux账户**：指导读者如何获取和设置Linux账户，无论是通过学校或机构提供的服务，还是个人云存储平台。 - **跨平台访问**：详细讲解了如何在MacOSX和Windows系统上通过PuTTY（用于SSH连接）以及Cygwin（模拟Linux环境）登录Linux账户。 - **个人目录**：解释了用户主目录的概念，它是每个用户的默认工作空间。 - **基本命令**：介绍了Linux中一些常用的基础命令，如查看文件和目录、导航、复制粘贴等。 - **更多命令与选项**：扩展至更复杂的命令行操作，如文件重定向、管道、查找工具等。 3. **文件传输**： - **跨平台文件传输**：指导如何在MacOSX与Linux之间以及Windows与Linux之间进行文件的传输，包括使用终端和第三方工具如Fugu。 - **文件传输实践**：通过实际操作来巩固这些知识。 4. **深入理解Linux**： - **路径**：讲解Linux中的文件和目录路径结构。 - **快捷键**：提高效率的常用键盘快捷键。 - **文件权限**：介绍Linux文件和目录的权限管理。 - **输出重定向**：如何控制命令的输出流向。 - **管道操作**：串联多个命令以实现复杂的数据处理流程。 - **locate与find**：介绍快速定位文件的工具。 - **tar与zip**：打包和压缩文件的常用方法。 - **通配符**：理解文件名匹配规则。 - **grep命令**：强大的文本搜索工具。 - **root用户**：特殊权限的角色和使用注意事项。 - **Linux文件系统**：对操作系统底层结构的理解。 5. **生物信息学工具**： - **EMBOSS**：介绍一个常用的生物信息学软件包，用于序列分析。 - **ClustalW**：讲解一个用于比较和分析蛋白质或核酸序列的软件。 这份教程为生物信息学领域的学习者提供了一个实用的Linux基础框架，涵盖了从环境配置到常用工具的全面指导，有助于新用户快速上手并高效地在Linux环境中进行生物信息学工作。