Matlab代码用于模拟与推断适应度效应分布DFE

资源摘要信息:"matlabdfe代码-asexual-lineage-adaptation" 该资源为一套用于模拟和推断适应度效应分布（DFE）的Matlab代码，提供了分析无性血统适应和有益突变对种群适应度影响的工具。代码的开发背景是基于EM Frenkel、BH Good、MM Desai等人于2014年在遗传学领域发表的研究成果，标题为“实验室出芽酵母种群中突变谱系的命运和有益突变的适应度效应分布”。 在进行Matlab编程实践前，用户需要执行几个步骤以配置代码环境。首先，需要将两个子目录“customMatlabfuncts”和“simulationcode”添加到Matlab的搜索路径中。这一步骤至关重要，因为它们包含实现模拟所必需的自定义函数和仿真代码。 在配置好工作路径后，用户应该打开“scripts to test code”文件夹中的“script_showMeSomeTrajs.m”文件。该文件含有如何运行模拟和如何绘制模拟结果的详细说明。这些说明通常以双百分号（%%）为标识，将脚本分割成可单独运行的部分。这种组织方式有助于用户理解代码的逻辑结构，并便于逐步执行和调试。 DFE的推断是一个迭代的过程，其中涉及大量的计算集群上的并行数据模拟，并通过分析结果来指导后续模拟的参数选择。这个过程需要反复迭代，直到确定一组最佳参数。 关于DFE的代码在仓库中的可用性，开发者提到代码目前“不是非常可移植的状态”，因此没有包括在内。这一点说明了代码的某些部分可能依赖于特定的系统配置或用户设置，或者尚未达到足够通用的水平，需要进一步的开发和测试才能被广泛使用。 另外，该资源还包括了一些清理工作，以便于适应速率建模的代码（具体对应图6的模拟结果）进行分发。如果研究者或用户对此类代码感兴趣并希望使用，作者表达了愿意进行分享和支持的态度，建议直接联系作者以获取这些额外的资源。 根据文件中提到的标签“系统开源”，我们可以推断出该Matlab代码是开源的，意味着用户可以自由地查看、修改和使用这些代码，为科研、教育或者实践目的提供便利。 最后，提到的“asexual-lineage-adaptation-master”文件夹名称暗示，这是一个包含主代码库的压缩包。用户可以通过下载该文件包来获取所有相关的Matlab脚本和函数文件，这为有兴趣深入研究或应用该代码的研究人员提供了方便的入口。