VMD教程：导入与展示分子结构

"该资源是一份关于分子模拟软件VMD的详细教程，主要讲解如何导入和操作分子结构，特别是展示了如何加载和查看泛素（Ubiquitin）的原子坐标。教程适用于新老用户，旨在帮助用户熟悉VMD的界面和功能，同时也介绍了高级脚本的使用，以增强用户体验。此外，教程还包含了关于泛素的生物学背景信息，以及使用VMD的技巧和快捷方式。" 在《导入分子 - TCP/IP详解卷1：协议原书第2版》中，虽然标题与TCP/IP协议无关，但内容涉及到的是一个关于VMD（Visual Molecular Dynamics）软件的教程。VMD是一款强大的分子动力学可视化工具，常用于生物大分子如蛋白质和核酸的三维建模和分析。 教程首先引导用户进行分子的导入，通过VMD的菜单栏选择“File”然后“New Molecule”，打开Molecule File Browser窗口。用户需要在该窗口中浏览并选择pdb文件1UBQ.pdb，这是包含泛素原子坐标的文件。在选择文件后，点击“Load”按钮以确保文件成功导入。一旦完成，泛素的分子结构将在OpenGL Display窗口中显示出来，用户可以随时返回Molecule File Browser窗口进行其他操作。 教程的目标用户群体包括新用户和经验丰富的VMD用户，新用户可以通过教程学习基本的分子图形表示和图像制作，而高级用户则可以深入到脚本部分，了解VMD的高级功能，这些功能通常不通过图形用户界面提供，但能提供更强大的定制和控制能力。 教程以泛素为示例，泛素是一种在所有真核生物中广泛存在的小蛋白质，由76个氨基酸组成，且高度保守。泛素在细胞内蛋白质降解过程中扮演关键角色，作为蛋白水解酶识别的标记。在学习过程中，用户不仅可以掌握VMD的使用，还能了解到泛素的生物学意义。 为了完成教程，用户需要安装VMD软件，可以在指定网站下载，并根据各自的操作系统选择合适的绘图程序，如Unix/Linux下的xmgrace，Windows下的Excel或Mac/Multiple Platforms下的Mathematica，某些可能需要购买许可证。 这份资源提供了全面的VMD使用指导，不仅覆盖了基本操作，还探讨了更深层次的脚本使用，同时结合了生物学知识，是学习分子模拟和VMD软件的理想教程。