R语言中的进化树与演化分析

"Analysis of Phylogenetics and Evolution with R" 是一本深入探讨如何使用R语言进行系统发育学（Phylogenetics）和演化分析的书籍。随着分子和遗传数据库的不断丰富以及计算机能力的增强，生物学家得以研究新的问题，如分子演化的模式，以及重新审视旧的问题，例如适应性在物种多样化中的作用。本书第二版全面更新，涵盖了自前一版出版五年以来出现的所有R包，新增了一章关于模拟演化数据的内容。 本书面向的是研究生和进化生物学的研究人员，提供了一个用于数据分析的参考指南，同时对于有兴趣进行演化分析的生物信息学研究人员，它也提供了如何在R中实现这些方法的指导。书中的内容首先介绍了R语言及其在系统发育学中的应用，这对于不熟悉R的读者来说是一次简短的入门。接着，书中涵盖了处理系统发育数据、构建系统发育树、绘制树图、比较法（Phylogenetic Comparative Methods）、祖先特征估计等基本的系统发育主题。树图绘制部分充分利用了R强大的图形环境。 此外，书中还专门有一章讨论了基于系统发育的物种分化分析，这是作者的主要研究领域之一。最后一章则关注于使用R开发系统发育方法以及与其他编程语言（如C和C++）的接口。每章末尾都附有练习题，以帮助读者巩固所学知识。 本书的出版标志着R语言在系统发育学和演化生物学领域的广泛应用，它不仅简化了生物学家的数据分析工作流程，提高了科学重复性，而且促进了方法论的发展和交流。通过这本书，读者可以学习到如何利用R进行复杂的生物演化分析，从而更好地理解和解释生命多样性的演化过程。