R包microeco：微生物群落生态学的高效分析工具

microeco是专为微生物群落生态学数据挖掘设计的一个R语言包，其英文原名为microeco: An R package for data mining in microbial community ecology。由Chi Liu、Yaoming Cui、Xiangzhen Li和Minjie Yao等人合作开发，发表在2021年2月的FEMS Microbiology Ecology期刊上。主要作者姚敏杰（yaomj@fafu.edu.cn）来自福建农林大学资源与环境学院，该包的出现旨在应对高通量测序技术推动下微生物群落数据的快速增长，以及对高效、灵活统计分析的需求。 microeco包具有以下几个关键特性： 1. **易用性**：包内提供详尽的文档和教程，使得用户能够轻松上手和学习，无论是初学者还是专业研究人员都能快速掌握其操作方法。 2. **模块化设计**：高度模块化的结构使得各种分析方法被组织成易于理解和管理的小模块，便于用户根据需要选择和组合，提高效率。 3. **灵活性**：包内包含多种算法和接口，用户可以根据研究需求自由选择或定制分析策略。同时，中间文件的可修改性使研究人员可以调整或扩展分析流程。 4. **性能优化**：针对某些算法，microeco进行了优化，确保了计算速度，这对于处理大规模数据集尤为重要。 5. **功能广泛**：包内涵盖了多种复杂的分析方法，如LEfSe（线性 discriminant effect size）、RDA（冗余分解分析）、网络分析、零模型和谱系分析，以及物种功能分析，满足了多层次的生态学研究需求。 截至描述提供的时间，microeco已经发展到10个核心模块，分别是数据预处理（microtable）、丰度展示（trans_abund）、维恩图分析（trans_venn）、alpha多样性（trans_alpha）、beta多样性（trans_beta）、差异分析（trans_diff）、环境因子分析（trans_env）、以及上述提到的高级分析功能。 要获取最新的安装指南、使用教程以及GitHub上的更新版本，用户可以直接访问链接https://github.com/ChiLiubio/microeco。microeco包是微生物生态学研究者不可或缺的数据处理和分析工具，极大地简化了复杂的数据挖掘过程。