MISS-Pipeline: 用于scRNAseq和ISH数据分析的MATLAB代码集

资源摘要信息:"行脚商matlab代码-MISS-Pipeline" 1.MISS-Pipeline简介 MISS-Pipeline是一个用于从单细胞RNA测序（scRNAseq）和原位杂交（ISH）转录组数据中提取细胞计数的工具集。它通过运行带有子集选择的矩阵求逆（MISS）方法来实现这一点。该工具集的所有代码均用MATLAB编写，适用于2018b或更高版本的MATLAB。 2.安装与使用步骤 MISS-Pipeline的使用包括以下步骤： a.将代码库克隆到本地目录。 b.下载所需的数据依赖关系并解压到本地存储库副本中。 3.文件结构与功能介绍 MISS-Pipeline的文件夹结构和功能如下： a."ExtraCode"文件夹：包含过时或不完整的代码，主文件夹中的所有功能都不需要运行这些脚本。 b.功能脚本：详细描述了脚本的输入和输出，必需的输入用黑体字表示，可选的输入用括号和默认值表示。 c MISS_demo.m：演示MISS管道的基本功能和一些绘图功能。 4.数据预处理 MISS-Pipeline包含数据预处理功能，如Cell_Type_Data_Extract.m，它输出每种细胞类型的平均表达谱。 输入参数包括： classstruct：一个由scRNAseq_Data_Ext生成的数据结构。 5.系统开源标签 MISS-Pipeline遵循开源原则，允许研究者自由获取和使用代码，以便在科研工作中复现和验证研究结果。 总结来说，MISS-Pipeline是一个功能丰富的MATLAB工具集，旨在帮助科研人员从高通量转录组数据中提取细胞计数信息。它的设计和实现提供了一种高效和系统化的方法，用于处理和分析大量基因表达数据。通过遵循提供的步骤，用户可以轻松地设置和运行这个管道，无需深入了解MATLAB编程。此外， MISS-Pipeline的开源性质使得它能够被广泛使用，并可能根据研究需求进行扩展和改进。