fMRIPrep: 一站式fMRI数据分析与预处理工具

资源摘要信息:"fMRIPrep是一个功能强大的功能性磁共振成像（fMRI）预处理管道，它提供了一套易于使用的最新接口，能够处理扫描采集协议的变化，并且需要最少的用户输入。这个管道使用了包括FSL、ANTs、FreeSurfer和AFNI在内的知名软件包中的工具组合。" 知识点详细说明： 1. fMRI预处理：在神经影像学领域，功能性磁共振成像（fMRI）是一种非侵入性的脑成像技术，用于测量和映射脑活动。fMRI数据预处理是数据分析的关键步骤，目的是提高信号质量和稳定性，以便于后续分析。 2. fMRIPrep管道：fMRIPrep是一个针对fMRI数据的预处理工具，它能够自动执行一系列预处理步骤，包括但不限于运动校正、场扭曲校正、空间归一化、偏置场校正和脑提取。这些步骤的目的是准备数据以便于后续的统计分析和脑网络研究。 3. BIDS兼容性：fMRIPrep遵循脑影像数据结构（BIDS）标准，这是一种组织神经影像数据的开放格式，使得数据的管理和共享更加方便。BIDS不仅促进了研究间的一致性，还提高了数据的可重用性。 4. 用户交互性：fMRIPrep强调的是最小化用户交互，这意味着它设计有直观的工作流程，用户需要提供的输入最小化，以确保处理过程的透明性和结果的可重复性。 5. 输出报告：fMRIPrep不仅仅执行预处理步骤，它还提供关于预处理过程的详细报告，包括对可能遇到的问题的解释，这有助于用户理解和验证预处理步骤的结果。 6. 最小预处理定义：在fMRIPrep的上下文中，“最小预处理”指的是只包括运动校正、场扭曲校正、空间归一化、偏置场校正和脑提取等必要步骤。这些步骤被认为是预处理中不可或缺的，以确保数据质量。 7. 工具包组合：fMRIPrep管道集成了多个功能强大的开源神经影像软件包，包括FSL（功能磁共振成像软件库）、ANTs（先进的正常化工具）、FreeSurfer（用于大脑皮层重建的软件）和AFNI（分析和可视化神经影像工具）。这些工具的组合使用使得fMRIPrep能够提供全面和健壮的预处理解决方案。 8. 标签说明：提供的标签包括image-processing（图像处理）、neuroimaging（神经成像）、fmri（功能磁共振成像）、bids（脑影像数据结构）、brain-imaging（脑成像）、fmri-preprocessing（fMRI预处理）、HTML（超文本标记语言）。这些标签有助于描述fMRIPrep的功能范围和应用领域。 9. 压缩包子文件名称：文件名称列表中的"fmriprep-master"表明这是一个特定版本的fMRIPrep软件的源代码仓库。"master"通常指的是代码的主分支，代表了最新且稳定的版本。