收 稿日期 : 2008-05-02; 修 回日期 : 2008-07-30 基 金项 目: 国 家自 然科学 基金 资助项 目( 60373089, 60674106, 60533010)
作 者简介 : 耿修堂 ( 1975- ) , 男 , 安 徽人 , 博士 , 主 要研 究 方向 为 优化 算 法、航 空电 子 系统 、机 械设 计 ( gxt1028@ 163. com) ; 陈 智华 ( 1976- ) , 女 ,
广西人 , 讲 师, 博士 , 主 要研 究方向 为智能 优化 、密 码与信 息安 全、DNA 计算 .
构 造 对 角 Ramsey 图 的 DNA 算 法 设 计
*
耿修堂, 陈智华
( 华 中科 技大 学 控 制科 学与 工程 系, 武 汉 430074)
摘 要: Ramsey 数问 题是 一个著 名的 组合 优化 问题 , 同时 也是 一个 NP 完 全 问 题。 构造 对 角 Ramsey 图是 一 个
难处 理的计 算问 题, 使用 穷举 的算 法来 构造 对角 Ramsey 图 必 然导 致 计 算 量 的 指 数 爆炸 , 穷 举 的 DNA 算 法 也 不
例外 。提出 了一 个构 造对 角 Ramsey 图的 递阶 式 DNA 粘 贴— 剪接 算法 , 该 算 法 通过 逐 个 添加 顶 点 的思 想 , 逐 步
删除 了问题 的绝 大部 分非 解, 在一 定程 度上 缓解 了问 题解 的空 间扩 散。 特 别地 , 专 门 针 对对 角 Ramsey 数 R( 5,
5) 的 43 阶 Ramsey 图 的构 造问 题进 行了 计算 分析 , 分析 结果 充分 地肯定 了该 算法 的有 效性 。
关键 词: DNA 计 算; Ramey 图; NP 完全 问题 ; 粘贴 模型 ; 剪接 模型
中图 分类 号: TP183 文 献标 志码: A 文 章编 号: 1001-3695( 2009) 03-0827-05
Design of DNA algorithm to construct diagonal Ramsey graph
GENG Xiu-tang, CHEN Zhi-hua
( Dept. of Control Science & Engineering, Huazhong University of Science & Technology, Wuhan 430074, China)
Abstract: Ramsey number problem is a famous optimization problem, and is also a NP complete problem. So constructing
diagonal Ramsey graph is an intractable computation problem. To solve the problemwith exhaustion method, the space com-
plexity will grow exponentially, and the instance is similar with primitive DNA algorithm. This paper proposed a recursive
DNA sticker-splicing algorithm to construct diagonal Ramsey graph. The proposed algorithmcould delete some incorrect solu-
tions byadding the vertices stage by stage. As a result, the proposed algorithmrelieved the need of space computation. Parti-
cularly, computational complexity of the presented algorithmwas analyzed with the construction of Ramsey graph with43 ver-
tices for R( 5, 5) . The analysis results of the algorithmshow that the presented algorithmis effective.
Key words: DNA computing; Ramsey graph; NP complete problem; sticker model; splicing model
0 引言
DNA 计算是一种以 DNA 与某 些相 关的 生 物酶 等作 为 最
基本材料的、基于某些生化反应原理的一种新型的分子生物计
算方 法。自 从 Adleman
[ 1]
在 1994 年 完成 的开 创实 验以 来, 众
多学者加入到 DNA 计 算 研究 领域, 例如 1995 年, Lipton
[ 2]
提
出了求解可满足性问题的 DNA 算法; 1997 年, Ouyang 等人
[ 3]
提出了求解最大团问题的 DNA 算法; 2006 年, Li 等人
[ 4]
提出
了求解 3-可满足性问题的 DNA 算法。
以完成对角 Ramsey 图的构造 问题为 目的, 本文提 出了 一
个对 角 Ramsey 图 构造 问 题的 递阶 法 DNA 粘 贴—剪 接 算法。
各种 DNA 算法的第一步通常 需要生 成一个 初始的 数据 池, 这
个数据池包含正确、也包 括不正 确的解; 然后 使用一 系列对 应
的 DNA 操作来删除这些不正确的解, 从而保留了正确的解; 最
后通过 DNA 检测操作把这些解检测出来, 即问题的解。然而,
这种穷举的搜索方法会受到 问题规 模的限 制, 换句话 说, 这 种
穷举的搜索方法会导致指数增加的 DNA 数量。正是因为 存在
这个瓶颈, 本文提出了一个构造 对角 Ramsey 图的递阶 法 DNA
粘贴—剪接算法。该算法采用逐步添加顶点、分层次分隔非解
的思想, 从而在一定程度上克服了空间爆炸问题。
1 Ramsey数问题
对角 Ramsey 数问题是一个经典的图论问题。对该问题的
研究, 除了理论上的推导证明外, 众多学者也以构造 Ramsey图
为方法展开了对该问题的 研究。由于 该问题 的求解 难度非 常
之大, 要想得到新的结果或一个新的界也是一件非常困难的事
情。本文以 DNA 计算为研究工具, 提出了一 个构造对角 Ram-
sey 图的 DNA 粘贴—剪接算法。
对角 Ramsey数问题可以用约会问题来解释, 即如何邀请最
少的客人, 使得至少有 m 个人两两相互认识或至少有 m个人两
两相互不认识。图论学 中是这样定义这个问题的: R( m, m) 是
指最小的正整数 n, 使得任意的 n 阶图, 要么含有 m 阶团, 要么
含有 m阶独立集。文献[ 5] 给出的另外两个定义如下:
定义 1 对于 一 个 阶为 m 的 完全 图 Km, 对 角 Ramsey 数
R( Km, Km) 定义为满足下面条件的最 小正整数 n, 使得: 若 Km
的每条边都染成红色或蓝色, 无论 如何染 色, 必定可 以找到 一
个红色边的子图 Km或一个蓝色边的子图 Km。这里 m≤n。
定义 2 设 Km 是 一个 阶为 m 的 完 全图, 对 角 Ramsey 数
R( Km, Km) 是指满足下面条件的最小正整数 n, 使得: 对任 一 n
阶的图 G, G必包含一个同构于 Km 的子 图或者 G的 补图包 含
一个同构于 Km的子图。
第 26 卷第 3 期
2009 年 3 月
计 算 机 应 用 研 究
Application Research of Computers
Vol. 26 No. 3
Mar. 2009