MirMark: miRNA靶标预测分类器安装指南

资源摘要信息:"MirMark:MirMark 代码库的主页" 知识点: 1. miRNA 靶标预测：miRNA（微小RNA）是一类长度约为22个核苷酸的非编码RNA分子，它们在RNA干扰和基因表达调控中起着关键作用。miRNA靶标预测是指利用计算方法预测特定miRNA分子可能结合的mRNA分子的目标位点，这通常涉及到复杂算法和生物信息学工具。 2. 位点级分类器：位点级分类器是指在miRNA靶标预测中用于判断miRNA是否可以与其目标mRNA中的某个特定位点有效结合的算法或模型。这种分类器通常会基于序列互补性、能量稳定性、种子区域的匹配等特征进行工作。 3. UTR级分类器：UTR（非翻译区）级分类器用于在更广泛的目标区域，即mRNA的5'非翻译区（5'UTR）和3'非翻译区（3'UTR）中预测miRNA靶标。这种分类器往往需要综合考虑miRNA与UTR序列的互补性以及可能影响靶标识别的其他因素，例如RNA二级结构、蛋白结合位点等。 4. 安装过程：文档中提供的安装步骤主要针对Linux操作系统。以下是具体步骤的解释和相关知识点： a. 添加第三方PPA（个人软件包存档）：为了安装特定的软件包（如vienna-rna），需要添加一个PPA。PPA允许用户获取预编译的软件包及其更新，这样可以更方便地安装和管理软件。 b. 更新系统软件包列表：通过执行`sudo apt-get update`命令，系统会更新软件包索引，确保所有可用软件包列表是最新的。 c. 安装必需的依赖项：命令`sudo apt-get -y install`后跟一系列软件包名称，用于安装所需的依赖项。`-y`选项表示在安装过程中自动接受默认选项，不进行手动确认。 d. 安装特定软件包：文档中提到安装`python-software-properties`、`software-properties-common`、`gbrowse`、`default-jdk`、`vienna-rna`和`wget`等软件包。这些软件包涵盖了软件安装、依赖管理、Java开发环境、RNA结构预测软件以及通用网络下载工具。 e. 下载和安装Weka软件包：Weka是一个广泛使用的机器学习软件包，它为数据挖掘提供了多种机器学习算法。在这里，它可能被用于训练或评估位点级和UTR级分类器。命令`cd /tmp && wget ***`用于从指定的URL下载Weka的jar文件，并将其复制到系统目录下。 5. 关于标签Perl：标签Perl表明MirMark项目可能涉及Perl编程语言。Perl是一种解释型、高级、通用的编程语言，适用于文本处理、网络编程、系统管理等领域。在生物信息学中，Perl经常被用于编写分析和处理生物数据的脚本。 6. 压缩包子文件的文件名称列表：MirMark-master表明代码库的名称是MirMark，且这是主分支的压缩文件。通常在代码托管平台上，项目的主要开发分支会被标记为master或main，而代码库的压缩包通常用于代码的分发和部署。 总结来说，MirMark是一个专注于miRNA靶标预测的工具集，通过位点级和UTR级分类器为研究人员提供靶标预测服务。文档中提供了一套详细的Linux环境下安装指南，涵盖了添加第三方软件源、安装依赖项、下载第三方软件包等多个方面，以便用户能够快速搭建起项目运行所需的环境。同时，代码库中可能涉及使用Perl语言编写的脚本，并通过特定的文件名指示这是一个主分支的代码包。