Mothur入门教程：OTU确定与dos操作详解

Mothur是一款广泛应用于微生物数据分析的开源软件，主要用于操作生物序列分析，特别是在16S rRNA基因测序数据的处理上。本文档详细介绍了如何使用Mothur确定 Operational Taxonomic Units (OTUs) 的基本步骤。OTUs是生物群落研究中的一个重要概念，它代表了在一定阈值下的物种聚类，用于量化群落的多样性。 首先，用户需要了解并熟悉Mothur的操作界面，通过点击主页面的"Manual"来查阅文档，因为Mothur基于命令行的界面可能对非计算机专业人士来说较为陌生。在操作前，确保你的序列数据已经以fasta格式准备好，并且mothur.exe文件与之在同一目录下。 接下来，按照以下步骤进行： 1. **创建距离矩阵**：使用`dist.seqs`指令，这个命令允许你计算序列间的距离。你可以根据需要设置参数，如gap处理方式（onegap或nogap）、末端gap的计分规则（countends），以及OTU的阈值（cutoff）。输出结果可以选择为下三角矩阵（lt）或矩形矩阵（square）。 2. **编写和执行指令**：在命令行中输入完整的指令，例如指定输出文件名（AU01.phylip.dist），然后按Enter键执行。 3. **读取距离矩阵**：完成距离矩阵计算后，使用`read.dist`指令将其导入Mothur环境。 4. **OTU分配**：使用`cluster`指令进行聚类分析，这一步骤涉及选择不同的方法（比如Cutoff值设置）来确定哪些序列属于同一OTU。程序运行后，会展示出一系列0到cutoff值之间可能的OTU分配方案。 在整个过程中，耐心和逐步学习至关重要，因为Mothur命令行的使用可能需要时间和实践来熟练掌握。如果你是初学者，建议先按照文档中的步骤操作，并通过实践不断熟悉软件的特性和功能。通过这些步骤，你可以有效地利用Mothur确定OTUs，进而深入理解你的微生物群落数据。