使用miRDeep2软件发现已知和新颖miRNA的流程解析

资源摘要信息:"mirdeep2是一个用于从深度测序数据中发现已知和新颖miRNA的软件工具。它由Sebastian Mackowiak和Marc Friedländer开发，能够处理来自不同测序平台（例如Solya/Illumina，454等）的miRNA测序数据。" 1. miRNA测序数据处理：miRDeep2软件能够对小RNA测序数据进行深入分析，包括从原始数据中识别出已知和未知的miRNA。miRNA是小的非编码RNA分子，通常在调控基因表达方面起着重要作用。 2. 软件功能：miRDeep2不仅能够发现新的miRNA分子，还能够对测序数据进行映射（mapping）、预测（prediction）、定量分析（quantification）和表达分析等。 3. 系统要求：为了运行miRDeep2，需要一个Linux系统环境，并建议至少有2GB的RAM。根据测序数据的深度，还需要有足够的磁盘空间来存储处理过程中的中间文件和最终结果。 4. 安装环境：对于MacOSX系统，需要安装Xcode和gcc编译器，这些可以从appstore中获得。如果安装过程中遇到问题，需要寻求在线帮助。 5. 其他软件依赖：miRDeep2在运行过程中可能需要依赖Vienna软件包，这可能需要额外安装G编译器。 6. 编程语言：从标签信息中可以推测，miRDeep2可能使用Perl语言进行开发，因为标签中有Perl语言的标识。 7. 文件压缩信息：给定文件的压缩包文件名称为"mirdeep2-master"。这表明软件的源代码可能打包在这个压缩文件中。 8. 开发团队：miRDeep2是由Sebastian Mackowiak和Marc Friedländer开发的。了解开发团队的背景可以帮助用户更好地评估软件的可靠性和专业性。 9. 文档支持：miRDeep2提供了README、TUTORIAL、CHANGELOG和FAQ等文档支持，以帮助用户更好地理解软件功能、安装步骤和更新历史。文档内容被转换为了Markdown格式，并进行了格式上的优化处理。 10. 其他标签信息：标签中还提到了分析（analysis）、映射（mapping）、测序（sequencing）、预测（prediction）、定量分析（quantification）和miRNA（mirna/smallrna/microrna）。这些关键词表明miRDeep2是一个综合性的分析平台，不仅仅局限于miRNA的发现，还涉及了测序数据分析的其他方面，如数据处理、分析和解释。 通过以上分析，可以看出miRDeep2是一个功能全面的小RNA测序数据分析工具，适用于生物学研究者在miRNA领域进行深入研究。