miRanda：一个用于microRNA目标扫描的软件指南

"程序用法-i.mx_virtualization_user's_guide" 本文主要介绍了一款名为miRanda的生物信息学软件，用于microRNA靶点扫描，它利用动态编程对齐和热力学来预测microRNA的mRNA靶点。miRanda是Memorial Sloan-Kettering Cancer Center开发的，遵循GNU Public License (GPL)。使用miRanda，用户需要提供一个包含microRNA查询的FASTA文件和一个待扫描的FASTA参考序列文件。软件提供了几种选项，如显示帮助、版本信息和许可信息。 在Linux或Unix环境中，掌握基本的操作系统知识对于生物信息学研究至关重要。例如，文件的复制、删除和移动，目录操作，文本查看和处理命令，以及权限修改等。此外，了解如何备份和压缩文件，管理磁盘和系统，以及安装软件都是必不可少的技能。本书《生物信息学实用技术系列丛书--常用生物数据分析软件V2.0》中详细介绍了这些内容。 在数据处理方面，文章提到了几个关键步骤，包括测序原理、峰图转化为Phred质量分数，以及将Phd文件转换为FASTA格式。序列比对是生物信息学中的核心任务，涉及全局比对软件如ClustalW、MUSCLE和HMMER，以及局部比对工具如BLAST、blat、blastz、GeneWise、Fasta、Exonerate和Sim4。基因组或基因的注释涵盖了重复序列分析（RepeatMasker、Trf、LTR_STRUC）、RNA分析（tRNAScan、MicroRNA、snoRNA、rRNA）和基因预测（Glimmer、GlimmerM、Genscan、TwinScan、BGF、Fgenesh）。SNP分析工具如Polyphred和SNPdetector用于识别单核苷酸多态性，而cross_match可用于比较序列。最后，进化分析专题中提到了Phylip和Paml等工具，用于构建进化树和计算进化参数。 通过这些工具和方法，研究人员能够在生物信息学领域进行深入的数据分析和挖掘，以揭示生命科学的复杂规律。学习并熟练运用这些软件是理解基因功能、进化关系以及疾病机制的关键。