基因组学分析：IGV批量截图制作教程

资源摘要信息:"igvScreenshot:使用 IGV 创建基因组区域的静态屏幕截图" 标题中提及的"igvScreenshot"是指一个流程或脚本，它使用"Integrative Genomics Viewer"（IGV），这是一个广泛使用的交互式可视化工具，用于查看基因组数据，如DNA序列、染色体变异、RNA表达数据等。该标题表明该资源主要涉及如何利用IGV软件对基因组的特定区域生成静态图片，即屏幕截图。 描述部分首先说明了创建基因组区域静态屏幕截图的基本步骤，它包括： 1. 为每个样本创建一个目录，这个目录包含一个IGV的XML文件和床文件（bed file）。床文件是一种文本文件，用于存储基因组位置信息，其格式通常包括染色体名称、起始位置、结束位置等。 2. 使用bash脚本igvCreateBatchFiles.sh来创建批处理文件，这意味着需要编写或使用一个Shell脚本来自动化批量处理流程。 3. 接下来，描述了一个循环命令，用于在LSF（负载共享设施）集群上为每个样本执行截图操作。这里使用了LSF的命令行工具"bsub"，它允许用户向集群提交作业并进行管理。命令中包含了一些参数，比如输出和错误日志的位置（-oo err.log）、使用的队列（-q long）、内存限制（-M ***）以及内存使用策略（-R 'select[mem>12000] rusage[mem=12000]'）。这确保了每个任务都有足够的资源来运行而不会对集群造成负担。 4. 脚本igvCreateSnapshots.sh被调用执行，它负责实际的截图过程。 5. 描述最后提及截图结果将被保存在以样本名称命名的目录中，并且有一个程序（此处被截断，但上下文提示可能是"geeqie"）被推荐来快速浏览这些截图。 【标签】为"Shell"，表明这个过程或脚本使用的是Shell脚本语言，它是用于Unix和类Unix系统的命令行解释器，可以用来控制和自动化操作系统级别的任务。在这个上下文中，Shell脚本被用来生成IGV的批处理文件，提交作业到集群，并且获取屏幕截图。 【压缩包子文件的文件名称列表】中的"igvScreenshot-master"表明这些脚本或资源可能位于一个名为"igvScreenshot"的项目中，并且当前版本为"master"。这通常意味着这个版本是主要的、稳定的版本，适合进行生产使用。 综上所述，这份资源涉及了几个关键的IT知识和操作技能点： 1. IGV软件的使用和基因组数据的可视化。 2. Shell脚本的编写与执行，特别是在Linux环境下对任务进行自动化处理。 3. LSF集群的作业提交和管理，包括对集群资源的合理分配。 4. 对于生物信息学研究人员而言，这还涉及到了基因组数据处理的基本流程，包括数据的组织和结果的查看。 这些知识点在生物信息学、计算生物学和相关的数据密集型科学领域内非常重要，因为它们涉及到研究的核心——处理和分析大量的基因组数据。