miRBase数据库:miRNA注册与功能解析
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更新于2024-08-23
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"miRBase是一个专门的microRNA序列数据库,包含了大量的miRNA前体和成熟miRNA序列,以及相关的物种信息和靶标预测数据。它提供了miRNA注册、搜索、详细信息查询、靶标预测和数据下载等功能。"
miRBase数据库是全球范围内研究者们用来存储、查询和分析microRNA(miRNA)信息的重要资源。miRNA是一类长度约为22个核苷酸的非编码RNA分子,它们在基因表达调控中起着关键作用,通过与目标mRNA结合影响其稳定性和翻译效率。miRNA的命名遵循一定的规则,通常以物种名称的缩写开头,如miR,接着是根据发现顺序的数字,对于同源miRNA,可能还会附加小写字母。
miRBase数据库包含了18226个hairpin前体miRNA和21643个成熟的miRNA,涵盖了168个物种的数据。数据库分为三个主要部分:miRBase数据库本身,miRBase Registry用于miRNA的注册,以及miRBase Targets数据库,现在称为microcosm,托管在欧洲生物信息学研究所(EBI)。这个数据库不仅提供了序列信息,还包含了miRNA的注释、预测的基因靶标等丰富的数据。
miRNA注册过程要求提交者以Fasta格式提交序列,这些序列经过审核后会被纳入miRBase Sequence Database。研究人员可以利用miRBase进行多种操作,比如搜索特定的miRNA,获取其详细信息,预测其可能的靶标分子,或者下载整个数据库的数据用于进一步的分析研究。
miRNA在生物学中的应用广泛,它们参与了多种生物过程,如动植物的生长发育、细胞凋亡、疾病的发生(特别是癌症),以及植物对环境压力的响应。由于miRNA的这些重要作用,miRBase数据库成为了miRNA研究领域不可或缺的工具,为科学家们揭示基因调控网络和疾病机制提供了宝贵的资源。
2021-10-03 上传
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