metaGEM工具：自动化微生物群落代谢互动预测

资源摘要信息:"metaGEM是一种使用Snakemake工作流程的生物信息学工具，旨在处理宏基因组数据，预测微生物群落中的代谢相互作用。该工具不仅能够从宏基因组的shotgun测序数据中重建元基因组组装的基因组（MAG），而且能够将这些MAG转化为基因组规模的代谢模型（GEM），进而用于模拟微生物群落内的相互作用。 metaGEM工作流程的特点包括其对现有生物信息学和代谢建模工具的集成，使得研究者能够系统地预测微生物群落中的代谢相互作用。它支持模拟微生物在不同环境下的交叉进食相互作用，如实验室群落、人类肠道、海洋、植物相关微生物群落以及大量土壤微生物群落。这些模拟有助于深入理解微生物群落的代谢网络和功能。 在实际操作中，metaGEM可以通过简单的命令行指令进行快速安装和配置。用户只需执行一行代码，即可克隆相应的GitHub仓库，然后在本地环境中设置必要的环境，并准备好开始使用metaGEM。 metaGEM的标签集合显示了它的多重应用领域，包括计算生物学、宏基因组学、代谢模型、肠道微生物群落、社区模拟以及基因组学。这些标签突出了metaGEM工具在跨学科研究中的重要作用。 该工作流程通常包含以下输出： 1. 丰度估算：通过分析数据，可以估计特定微生物群落中各个成员的相对丰度。 2. 生物分类分配：根据序列信息，将微生物分配到不同的分类单元。 3. 增长率估算：预测微生物在特定环境条件下的生长速率。 4. 全基因组分析：提供关于微生物基因组的全面信息，包括基因内容和功能。 5. 真核MAG鉴定：识别真核生物的元基因组组装基因组，拓展了对非细菌生物的研究。 总体来说，metaGEM为微生物群落代谢研究提供了一种高效、集成的解决方案，有助于研究者在多个环境和应用背景下揭示微生物间的代谢交互作用。"