生物信息学：核酸序列分析与进化树构建

"第二章核酸数据库及核酸序列的分析(第五构建进化树)" 在生物信息学领域，核酸数据库是研究生物基因组、转录组和进化关系的重要工具。本资料主要探讨了如何利用这些数据库来分析核酸序列，并构建进化树。进化树是生物学中用于描绘物种或遗传特征演变关系的图形表示，它反映了物种间的亲缘关系。 在描述中提到了GenBank，这是一个国际性的核酸序列数据库，包含了各种生物体的DNA和RNA序列。通过GenBank，科研人员可以检索到大量的已知序列，以便进行比对和分析。在示例中，04M1序列被用作查询，与GenBank中的多个序列进行了比对。比对结果展示了不同植物种类的chloroplast psA序列或内转录间隔区（ITS）序列的相似性。 HSP（High Scoring Pair）得分是比对过程中的一种衡量标准，它表示两个序列中匹配部分的分数总和。较高的HSP得分意味着两个序列间存在更高的相似性。04M1与多个洋艾蒿属（Artemisia）和菊属（Chrysanthemum）的序列进行了比对，得分从1024到953不等，显示了不同程度的相似性。 接下来，通过这些比对结果，构建了进化树。进化树的构建通常是基于序列的相似性，用以揭示物种间的演化关系。左图所示的进化树描绘了04M1与GenBank中序列的进化关系，百分比表示了序列之间的相似度。可以看到，04M1与某些Artemisia属和Chrysanthemum属的序列有非常高的相似性，而与Atractylodes japonica的相似度最低。 此外，资料还提到了05M1-1序列，虽然只给出了一部分信息，但可以推断这同样是用于比对和构建进化树的一个序列。 这个资料涉及的知识点包括： 1. 核酸数据库的应用，尤其是GenBank在序列检索和分析中的角色。 2. 序列比对的概念，如HSP得分及其在确定序列相似性中的作用。 3. 基于序列比对结果构建进化树的方法，以及进化树在揭示物种关系中的意义。 4. 生物信息学中常用的数据分析流程，包括序列获取、比对和可视化结果。 通过这样的分析，科研人员能够理解不同物种间的遗传关系，从而推断它们的进化历史，这对于生物学研究，特别是系统发育学和分子生物学研究具有重要意义。