Primer Premier 5.0: 引物设计与序列分析指南

"primer 5中文手册" Primer 5是一款专用于设计引物的软件，它提供了用户友好的界面和强大的自动搜索功能，使得引物设计变得简单高效。该软件不仅适用于初学者，还允许专家根据特定需求进行精细的定制。在Primer PREMIER 5.0版本中，支持Windows和Power Macintosh操作系统。 Primer PREMIER包含的主要功能有： 1. **序列编辑** (GENE TANK)：用户可以在GeneTank窗口中查看、打开、创建和保存DNA序列。编辑功能包括查找序列片段、校对语音、以及比较不同链的序列差异。序列比较参数设置允许用户自定义比较的标准，以满足不同的研究需求。 2. **序列比较**：软件支持序列的比对和评分，用户可以调整Alignment Parameters以优化比对结果。此外，还提供了序列翻译功能，用户可以选择不同的密码子表（EditCodonTable窗口）以适应不同的遗传代码。 3. **引物设计** (PRIMER)：这是Primer 5的核心功能，它包括自动搜索和手动搜索两种模式。在Primer Premier引物设计窗口中，用户可以直接在序列上选择目标区域，软件会即时分析引物的各种参数，如熔解温度(Tm值)，GC含量，自由能等。此外，二级结构分析有助于避免引物形成发夹结构或其他不利的二级结构。 - **Direct Select**：用户可以直接在序列图谱上点击选取设计引物的区域。 - **性状列表**：显示设计引物的各种特性，包括长度、Tm值、GC含量等。 - **二级结构**：图形化展示引物可能形成的二级结构，以便评估其稳定性。 - **Edit Primer**：在引物编辑窗口中，用户可以详细调整引物参数。 - **Search Criteria**和**Search Parameter**窗口：设置搜索标准和参数，使搜索更精确。 - **Automatic Search**：自动搜索功能可以快速找到满足条件的引物对，而**Manual Search**则允许用户根据特定的设计原则进行引物设计。 4. **引物分析与输出**：Primer 5不仅提供全面的引物参数分析，还能够显示引物的比吸光度、活性（单位nmoles/OD和ug/OD）以及分子量。用户还可以将设计好的引物直接输入到数据库，方便打印或生成引物合成订单。 通过Primer 5，研究人员能够高效地完成从序列分析到引物设计的全过程，确保实验的准确性和可靠性。这款软件是生物科学领域，特别是分子生物学和基因组学研究中不可或缺的工具。