SPM12数据处理自动化:SE/ME fMRI与VBM分析MATLAB代码

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资源摘要信息:"标准化和自动化SPM12中单回波(SE fMRI)、多回波(ME fMRI)fMRI和VBM数据的处理matlab代码.zip" 在介绍相关知识点之前,需要明确文件的标题和描述提供了关于文件内容的直接信息,指出这是一个包含用于处理功能磁共振成像(fMRI)和基于体素形态学测量(VBM)数据的MATLAB代码压缩包。SPM12是指统计参数映射(Statistical Parametric Mapping)的第12版,这是一个广泛使用的神经影像学分析工具箱,特别是在功能磁共振成像领域。标题中提到的“标准化和自动化”指出了该代码集旨在简化和优化数据分析流程。此外,文件还涉及到“单回波(SE fMRI)”和“多回波(ME fMRI)”两种不同类型的fMRI数据处理。VBM是另一种用于分析结构性磁共振成像(sMRI)数据的方法,可定量分析脑结构变化。 现在让我们详细介绍标题和描述中提到的几个关键知识点: 1. SPM12工具箱 SPM12是一个基于MATLAB的软件包,广泛应用于神经影像学研究。它提供了一系列用于统计分析和可视化大脑影像数据的工具,尤其是用于fMRI数据。SPM12包含了设计矩阵的构建、统计模型的拟合、结果的统计推断、图像的标准化和显示等功能。使用SPM12,研究人员可以将原始的影像数据转换成统计图,从而对不同条件或组别进行比较。 2. 单回波(SE)和多回波(ME)fMRI fMRI是通过测量血氧水平依赖性(BOLD)信号的变化来监测脑活动的技术。单回波fMRI(SE fMRI)是一种传统的fMRI技术,它通过单一的回波时间(TE)来获取数据。相比之下,多回波fMRI(ME fMRI)通过同时采集多个TE的数据来获得更丰富的对比度信息,可能对特定的组织或病理特征提供更敏感的信号。ME技术的出现为研究者提供了更多的选择,有助于提高fMRI图像质量、减少伪影和改善脑区区分度。 3. 基于体素的形态学测量(VBM) VBM是一种用于分析结构性磁共振成像(sMRI)数据的技术,旨在提供一种量化脑结构差异的方法。VBM分析通常包括对图像进行标准化处理,将个体脑图像映射到标准空间,然后对脑的各个部分(包括灰质、白质和脑脊液)进行体积估计。VBM分析可用于研究脑结构变化与各种心理状态、神经疾病或认知能力之间的关系。 4. MATLAB编程语言 MATLAB是一种高性能的数值计算语言和交互式环境,广泛用于工程和科学计算。它提供了丰富的内置函数,支持矩阵运算、数据可视化以及复杂的算法实现。在神经影像学研究中,MATLAB通常被用来处理和分析fMRI和sMRI数据。此外,SPM12软件包就是用MATLAB编写的,因此MATLAB是进行SPM分析的重要工具。 5. 数据处理自动化和标准化 数据处理的自动化意味着减少手动操作,使数据分析流程更加高效和可重复。标准化处理涉及到将数据转换为一个共同的参考框架,这通常包括头部定位、图像校正、空间标准化等步骤。这些步骤对于确保不同个体或不同时间点收集的数据之间的可比性至关重要。自动化和标准化处理流程不仅可以提升分析的精确度,还可以提高研究的可重复性,并且有助于处理大规模数据集。 以上便是标题和描述所涉及的知识点概要。由于没有提供具体的文件内容,以上信息是基于标题和描述的直接推断。这些知识点将为任何从事神经影像学研究、特别是在使用SPM12进行数据分析的专业人员提供宝贵的背景知识。

clear;clc parentdir = 'F:\data process\fMRI\fmrioutput'; % 定义储存各被试源文件的上级文件夹 cd(parentdir); % 进入这个上级文件夹 allsubjects = dir('sub*');%查找该文件夹下的所有被试 subinfos = numel(allsubjects); for i=1:numel(allsubjects) % 对每个被试进行循环 cursubject = allsubjects(i).name; % 找到当前被试的名字 matlabbatch=cell(1); curWPAT = fullfile(parentdir,cursubject,'WPAT'); curfucout=fullfile('F:\data process\fMRI\fmrioutput',cursubject,'WPAT') matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.dir = {curfucout}; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.sess.scans = cellstr(spm_select('ExtFPList', curWPAT, '^sw*.nii', Inf)) matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.timing.units = 'scans'; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.timing.RT = 2; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.timing.fmri_t = 16; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.timing.fmri_t0 = 8; %% matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.sess.cond = struct('name', {}, 'onset', {}, 'duration', {}, 'tmod', {}, 'pmod', {}, 'orth', {}); matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.sess.multi = {'D:\data process\fMRI\onsets\subject(i)_run1.mat'}; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.sess.regress = struct('name', {}, 'val', {}); matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.sess.tempxx=dir(fullfile(curfucout,'rp*.txt')) matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.sess.hpf = 128; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.fact = struct('name', {}, 'levels', {}); matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.bases.hrf.derivs = [0 0]; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.volt = 1; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.global = 'None'; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.mthresh = 0.8; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.mask = {''}; matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.cvi = 'AR(1)'; matlabbatch{2}.spm.stats.fmri_est.spmmat(1) = cfg_dep('fMRI model specification: SPM.mat File', substruct('.','val', '{}',{1}, '.','val', '{}',{1}, '.','val', '{}',{1}), substruct('.','spmmat')); matlabbatch{2}.spm.stats.fmri_est.write_residuals = 0; matlabbatch{2}.spm.stats.fmri_est.method.Classical = 1; matlabbatch{3}.spm.stats.con.spmmat(1) = cfg_dep('Model estimation: SPM.mat File', substruct('.','val', '{}',{2}, '.','val', '{}',{1}, '.','val', '{}',{1}), substruct('.','spmmat')); matlabbatch{3}.spm.stats.con.consess{1}.tcon.name = 'Old'; matlabbatch{3}.spm.stats.con.consess{1}.tcon.weights = 1; matlabbatch{3}.spm.stats.con.consess{1}.tcon.sessrep = 'none'; matlabbatch{3}.spm.stats.con.delete = 0; end;怎么改

2023-05-24 上传