大肠杆菌代谢通量分析的MATLAB linprog代码与S基质文件

资源摘要信息: 标题: "matlablinprog代码-S-matrix-KOR-ACL:带有用于通量平衡分析的额外kor和acl基因的大肠杆菌核心代谢途径的S基质" 描述: 该文件包含了用于通量平衡分析（Flux Balance Analysis, FBA）的MATLAB代码以及大肠杆菌核心代谢途径的化学计量矩阵（S矩阵），该矩阵是基于线性规划（linear programming, linprog）技术构建的。Excel文件"KOR ACL"中包含了S矩阵，并用于估计大肠杆菌的生长。S矩阵将代谢物和反应（React）整合在一起，以进行代谢通量的计算和优化。MATLAB代码位于两个工作表"MATLAB code for KOR"和"MATLAB code for KOR ACL"中，它们被设计为在MATLAB环境（版本9.3和9.4测试通过）中运行。通过将Excel文件中相应的工作表内容复制到MATLAB命令窗口，程序将自动执行并显示出每个反应（React）的通量率，完成时间少于2秒。 知识点: 1. 通量平衡分析（FBA）: 通量平衡分析是一种用于研究代谢网络的计算框架，它通过线性规划技术来模拟代谢通量在细胞内的分布。FBA可以预测在特定条件下，如细胞生长的最大化，代谢通量的最优分布。 2. 化学计量矩阵（S矩阵）: 在FBA中，化学计量矩阵S代表了代谢网络中代谢物和反应（酶促反应）之间的关系。矩阵的每一列对应一个代谢反应，每一行对应一个代谢物，元素值表示反应中代谢物的参与系数。 3. 大肠杆菌代谢途径: 大肠杆菌（Escherichia coli）是研究最深入的微生物之一，其代谢途径已通过多个研究得到了详尽的描述。通过研究大肠杆菌的代谢途径，科学家们可以了解细胞如何在不同的环境条件下调整其代谢活动。 4. MATLAB的linprog函数: MATLAB是一种用于数值计算、可视化和编程的高级语言和交互式环境。linprog是MATLAB中的一个函数，用于解决线性规划问题。在该文件中，linprog被用来优化目标函数，即预测代谢通量。 5. MATLAB编程: MATLAB支持线性代数、统计、傅立叶分析、信号处理、优化以及数值可视化等多种计算和数据可视化的高级技术。在该文件中，MATLAB被用来编写和执行通量平衡分析的代码。 6. Excel文件的使用: Excel是一款广泛使用的电子表格程序，它允许用户存储、组织和分析数据。在该文件中，Excel被用于存储S矩阵和相关的MATLAB代码，方便数据的交换和处理。 7. 系统要求和安装指南: 系统要求指明了运行该MATLAB代码所需的特定版本的MATLAB环境。安装指南为用户提供了安装和设置MATLAB的步骤，以及如何运行Excel中的代码。 8. 大肠杆菌代谢网络中的kor和acl基因: kor和acl基因编码了某些关键的代谢酶，它们对于大肠杆菌核心代谢途径至关重要。这些基因在代谢网络中的特殊作用可能对优化通量平衡分析中的目标函数有重要影响。 9. 开源系统: 标签"系统开源"表明该资源是开放给公众使用的，这允许其他研究者或用户自由地访问、使用和修改这些代码和数据。 通过上述知识点，我们可以看出该文件为研究者提供了强大的工具和数据集，来分析和优化大肠杆菌核心代谢途径的通量分布，这对于生物工程、合成生物学和代谢工程等领域具有重要价值。