MATLAB实现SSVEP-BCI直接ITR优化及代码示例

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资源摘要信息: "用matlab生成谐波代码-ITR-optimisation:基于SSVEP的BCI的直接ITR优化" 在深入理解此资源之前,我们首先需掌握一些基础背景知识。SSVEP(Steady-State Visually Evoked Potentials)即稳态视觉诱发电位,是一种与大脑视觉系统相关的脑电反应,能够在特定频率的视觉刺激下产生。BCI(Brain-Computer Interface)即脑-机接口,是指利用大脑信号直接与计算机或其它电子设备进行交互的技术。 该资源主要包含了一系列示例代码,目的是优化基于SSVEP的BCI系统中的信息传输速率(ITR)。ITR作为评估BCI性能的重要指标,衡量了BCI在单位时间内能传输多少信息。因此,最大化ITR能够提升用户利用BCI在有限时间内传递给外部设备(如计算机、机器人等)的信息量。 代码库中的分类方法基于直接ITR最大化,这种新颖的方法是由Anti Ingel、Ilya Kuzovkin和Raul Vicente在“基于SSVEP的BCI的直接信息传输速率优化”一文中介绍的,发表在《神经工程学报》16.1(2018)。 代码的使用环境要求为Python 2.7,并需要安装numpy、scipy、matplotlib、pandas、sklearn、rpy2等库。值得注意的是,rpy2库用于在Python中运行R命令,原因是计算偏态正态分布累积分布函数值时,在scipy库中遇到了内存泄漏错误。 现在,让我们详细探讨一下其中涉及的关键知识点: 1. 谐波(Harmonics)与SSVEP的生成 在BCI领域,通常会使用特定频率的光刺激来诱导SSVEP反应。通过生成特定频率及其谐波的光刺激,可以更有效地诱发电位。而该资源的标题表明,其提供了一种使用matlab生成这些谐波的方法,这可能意味着用户能够通过指定频率生成和应用这些光刺激。 2. ITROptimization ITROptimization是直接优化ITR的方法。ITR是一个复合指标,它综合了分类器准确性与响应速度,直接表示了BCI在信息传输方面的能力。ITR优化通常涉及机器学习模型的选择、特征提取技术以及分类算法的调整。 3. Python编程在BCI系统中的应用 Python因其强大的数据处理和机器学习库而被广泛用于BCI研究。通过利用numpy进行数值计算、scipy处理科学计算问题、matplotlib进行数据可视化、pandas处理数据结构、sklearn提供机器学习算法以及rpy2执行R语言命令,研究人员能够构建出复杂的BCI数据处理流程。 4. R语言在Python环境中的应用 rpy2库允许Python用户执行R语言代码,这在某些特定场景下非常有用。在本资源中,使用rpy2是为了利用R语言在统计计算方面的优势,特别是计算偏态正态分布累积分布函数值时,可以避免scipy库的内存泄漏问题。 5. 开源系统(Open Source System) 该代码库被标记为开源,意味着用户可以自由地使用、研究、修改并共享代码。开源的实践鼓励了社群间的合作,有助于加速技术发展和创新。 综上所述,该资源为研究人员提供了一套工具和方法,不仅涵盖了从信号生成到ITR优化的整个流程,也涉及了跨语言编程技巧和开源合作精神。通过这些代码示例,研究者们可以进一步推进基于SSVEP的BCI系统的发展,提高其信息传输效率,并最终为用户提供更为高效的交流方式。

for Itr=1:Max_Itr for i=1:nop % Determin RSs and Search by LTs %-------------------------------------------------------- Rf=((i-1)/(nop-1))(RM-Rm)+Rm; Rd=norm(GOP-GTs(:,RKs(i))); Rs=Rf(Rf>=Rd)+Rd*(Rd>Rf); LTs_C=Create_LTs(No_LTs,Rs,Dim); LTs=repmat(GTs(:,RKs(i)),1,No_LTs)+LTs_C; LTs=SS(LTs,Par_Interval); %---------------- if Graphic_on==1 subplot(2,2,1) hold off pause(0.000001); plot(LTs(1,:),LTs(2,:),'x'); hold on ezplot(['(x-' num2str(GTs(1,RKs(i))) ')^2 + (y-' num2str(GTs(2,RKs(i))) ')^2 -' num2str(Rs^2)],[0 10],[0 10]); hold off xlim([Par_Interval(1,1) Par_Interval(1,2)]); ylim([Par_Interval(2,1) Par_Interval(2,2)]); pbaspect([1 1 1]) title('Local Search') xlabel('x_1') ylabel('x_2') end %---------------- LTs_Cost=Ev_Fcn(LTs,Fcn_Name); [L_min,L_inx]= min(LTs_Cost); if L_min<=LP_Cost(RKs(i)) LP(:,RKs(i))=LTs(:,L_inx); LP_Cost(RKs(i))=L_min; end if L_min<=GOP_Cost GOP_Cost=L_min; GOP=LTs(:,L_inx); end end % Search by GTs %-------------------------------------------------------- for i=1:nop GTs(:,i)=New_GT(GTs(:,i),LP(:,i),GOP,Lambda,Theta,Beta); GTs(:,i)=SS(GTs(:,i),Par_Interval); GTs_Cost(i)=Ev_Fcn(GTs(:,i),Fcn_Name); end % Ranking %-------------------------------------------------------- [Gts_Sorted,RKs]=sort(GTs_Cost); GOP_B=GTs(:,RKs(1)); GOP_Cost_B=Gts_Sorted(1); if GOP_Cost_B<=GOP_Cost GOP_Cost=GOP_Cost_B; GOP=GOP_B; end OP_Cost(Itr+1)=GOP_Cost; %---------------- if Graphic_on==1 subplot(2,2,2) hold off pause(.000001) plot(GTs(1,:),GTs(2,:),'*') hold on plot(GOP(1,:),GOP(2,:),'X','color','red') xlim([Par_Interval(1,1) Par_Interval(1,2)]); ylim([Par_Interval(2,1) Par_Interval(2,2)]); hold off pbaspect([1 1 1]*3) title('Global Search') xlabel('x_1') ylabel('x_2') end %---------------- %---------------- if Graphic_on==1 subplot(2,2,3) hold off pause(.000001) plot(OP_Cost(1:Itr+1)) pbaspect([2 1 1]) xlim([1 Max_Itr+1]) title(['Cost=' num2str(GOP_Cost,'%4.10f')]) xlabel('Iteration') ylabel('Cost') else hold off pause(.000001) plot(0:Itr,OP_Cost(1:Itr+1),'.','MarkerSize',15,'LineStyle','-','Color',[214 30 0]/255,'MarkerEdgeColor',[3 93 118]/255) pbaspect([2 1 1]) title(['Itr=' num2str(Itr) ', Cost=' num2str(GOP_Cost,'%4.10f')]) xlim([0 Max_Itr]) xlabel('Iteration') ylabel('Cost') end %---------------- end 把这段MATLAB代码转换为python代码

2023-06-01 上传