探索蛋白质结构数据库：PDB、MMDB、SCOP与DSSP详解

《蛋白结构数据库》.ppt是一个关于蛋白质结构数据库的详细介绍，重点介绍了四个主要的数据库：PDB（Protein Data Bank）、MMDB、SCOP（Structural Classification of Proteins）以及DSSP（Dictionary of Protein Secondary Structure）。该PPT涵盖了以下几个关键知识点： 1. **PDB数据库**：PDB由美国Brookhaven实验室于1971年创立，是全球最大的生物大分子三维结构数据库，特别是蛋白质结构。目前由RCSB（Research Collaboration for Structural Bioinformatics）负责维护。数据来源于实验测量，包括X射线晶体衍射、核磁共振和电子显微镜技术得到的结构。 2. **数据来源与统计**：截至2008年，PDB包含超过5万个结构数据，其中大部分是蛋白质，大约93%。数据库还包括核酸、糖类及蛋白质与核酸复合物的三维结构信息。 3. **数据查询**：PDB中的每个结构数据都有独特的PDB-ID，由字母和数字组成。用户可以通过登录PDB网站，利用PDB ID或关键词进行检索，还可以根据特定项目（如数据提交者、作者姓名或结构表达方式）筛选结果。 4. **查询示例**：以查询PDB ID为1ADZ的结构为例，演示了如何通过PDB网站进行操作，包括登录、搜索、查看详细信息和下载文件。 5. **数据查看**：用户可以从不同的视角查看数据，包括生物学和化学信息、材料与方法、序列细节、几何形态等。三维结构可以通过KiNG、Jmol、WebMol等工具进行可视化。 6. **数据下载**：PDB提供了文件下载选项，以便研究人员可以根据需要获取结构数据的原始数据文件。 这个PPT对于了解和使用蛋白质结构数据库具有很高的实用价值，对生物信息学研究者、结构生物学学生以及从事蛋白质结构分析的科学家来说是一份宝贵的参考资料。通过学习和掌握这些数据库，人们能够更好地理解和研究生物大分子的结构与功能关系。