GCH1基因多态性计算分析与多巴反应性肌张力障碍关联研究

0 下载量 126 浏览量 更新于2025-01-16 收藏 973KB PDF 举报
本文主要探讨了人类GCH1基因的单核苷酸多态性(SNPs)如何通过计算机分析与多巴反应性肌张力障碍(DRD),特别是Segawa综合征(SS)关联。研究利用了医学信息学工具进行Insilco分析,以揭示可能影响GCH1基因表达和功能的SNPs。 GCH1基因,全称鸟苷酸环化酶激活蛋白1基因,其突变是导致常染色体显性遗传型早发DRD的常见原因。研究中,研究人员从dbSNP数据库中收集了SNP数据,并运用多种生物信息学工具,如SIFT、PolyPhen-2、PROVEAN、SNPsGO、I-Mutant、MUpro、Swiss-PdbViewer和Project HOPE,对非同义SNPs(nsSNPs)进行功能和结构影响的预测。 研究发现,GCH1基因编码区有178个SNP位点,3′UTR有451个,5′UTR有63个。通过GeneMania软件,揭示了GCH1基因与其他参与酚类化合物和儿茶酚胺生物合成、单氧化酶活性调节以及一氧化氮合酶活性的基因有相互作用。在这些nsSNPs中,有7个(R88W、G108D、D134V、G201E、H144P、I135K和R184H)被认为对GCH1蛋白的结构、功能和稳定性影响最大。 进一步的分析,如PolymiRTs预测了3′UTR区域中SNPs可能破坏或产生microRNA(miRNA)结合位点,而SNPFunctionPrediction工具则指出5′UTR区有2个SNP具有重要功能。这些结果表明,GCH1基因的SNPs可能通过影响基因表达和蛋白质功能,从而与DRD的发生发展相关联。 总结来说,这项研究通过计算方法预测了GCH1基因中的SNPs可能作为DRD,尤其是Segawa综合征的潜在病因,它们可以作为诊断的生物标志物。未来的研究可能会更深入地探讨这些SNPs在疾病病理机制中的具体作用,以期为DRD的预防和治疗提供新的靶点和策略。

model: sets: gch/1..7/:p,s; gd/1..15/:A,y,z; links(gch,gd):x,c; endsets data: p = 160 155 155 160 155 150 160; s = 800 800 1000 2000 2000 2000 3000; c = 170.7 160.3 140.2 98.6 38 20.5 3.1 21.2 64.2 92 96 106 121.2 128 142 215.7 205.3 190.2 171.6 111 95.5 86 71.2 114.2 142 146 156 171.2 178 192 230.7 220.3 200.2 181.6 121 105.5 96 86.2 48.2 82 86 96 111.2 118 132 260.7 250.3 235.2 216.6 156 140.5 131 116.2 84.2 62 51 61 76.2 83 97 255.7 245.3 225.2 206.6 146 130.5 121 111.2 79.2 57 33 51 71.2 73 87 265.7 255.3 235.2 216.6 156 140.5 131 121.2 84.2 62 51 45 26.2 11 28 275.7 265.3 245.2 226.6 166 150.5 141 131.2 99.2 76 66 56 38.2 26 2; enddata min = W + Q + T; W = @sum(links(i,j):p(i)*x(i,j)); Q = @sum(links(i,j):c(i,j)*x(i,j)); T = @sum(gd(j):(1+y(j))*y(j)+(1+z(j))*z(j))*0.05; z(1)+y(2)=104 ; z(2)+y(3)=301 ; z(3)+y(4)=750 ; z(4)+y(5)=606 ; z(5)+y(6)=194 ; z(6)+y(7)=205; z(7)+y(8)=201; z(8)+y(9)=680; z(9)+y(10)=480; z(10)+y(11)=300; z(11)+y(12)=220; z(12)+y(13)=210; z(13)+y(14)=420; z(14)+y(15)=500; y(1)+z(1) = @sum(gch(i):x(i,1)); y(2)+z(2) = @sum(gch(i):x(i,2)); y(3)+z(3) = @sum(gch(i):x(i,3)); y(4)+z(4) = @sum(gch(i):x(i,4)); y(5)+z(5) = @sum(gch(i):x(i,5)); y(6)+z(6) = @sum(gch(i):x(i,6)); y(7)+z(7) = @sum(gch(i):x(i,7)); y(8)+z(8) = @sum(gch(i):x(i,8)); y(9)+z(9) = @sum(gch(i):x(i,9)); y(10)+z(10) = @sum(gch(i):x(i,10)); y(11)+z(11) = @sum(gch(i):x(i,11)); y(12)+z(12) = @sum(gch(i):x(i,12)); y(13)+z(13) = @sum(gch(i):x(i,13)); y(14)+z(14) = @sum(gch(i):x(i,14)); y(15)+z(15) = @sum(gch(i):x(i,15)); @for(gch(i):@sum(gd(j):x(i,j))<=s(i)); end 请将上述Lingo编程转换为GAMS语言

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