Rubygem 'pubmed_api':下载Pubmed论文和期刊信息

需积分: 17 1 下载量 183 浏览量 更新于2024-11-28 收藏 9KB ZIP 举报
资源摘要信息:"pubmed-api是一个Ruby语言的gem工具,主要用于从PubMed Entrez数据库下载相关的论文和期刊信息。该工具提供了一个简洁的API接口,方便开发者快速查询和获取相关的医学和生物信息。" 知识点详细说明: 1. PubMed数据库概述: - PubMed是美国国家医学图书馆(National Library of Medicine,简称NLM)提供的一个免费的生物医学和生命科学数据库。它包含了大量经过编辑选择的期刊文章的摘要和索引。 - PubMed提供了一个名为Entrez的搜索和检索系统,允许用户通过关键词搜索、布尔运算符等高级搜索方式来检索相关文献和数据。 2. Ruby语言介绍: - Ruby是一种开源的面向对象编程语言,它以简洁的语法、易于理解和高可读性而闻名。 - Ruby适合快速开发各种应用程序,包括网站、脚本和系统管理工具。 - “gem”是Ruby的包管理器,用于安装、发布和管理Ruby程序包。 3. Ruby gem介绍: - 在Ruby中,一个gem是可重用的代码包,它封装了相关的功能和依赖关系,方便开发者在不同的项目中复用。 - pubmed-api gem是Ruby的一个库,开发者可以通过简单的命令安装并使用它进行PubMed数据库的查询和数据提取。 4. Gem的安装与使用: - 要使用pubmed-api gem,首先需要将其添加到Ruby应用程序的Gemfile中,并通过执行`bundle`命令来安装。或者,用户也可以直接通过命令`gem install pubmed_api`来安装该gem。 - 安装完成后,开发者可以使用该gem提供的接口进行PubMed数据的检索。例如,通过`PubmedAPI::Interface.search("quantum Physics")`来搜索与“量子物理”相关的文献,并通过返回的`pmids`属性获取匹配的PubMed ID列表。 - 要获取具体某篇论文的详细信息,可以使用`fetch_papers`方法,通过传入一个包含PubMed ID的数组来获取。获取到的每篇论文包含有标题和链接等信息。 5. 编写和贡献代码: - 开发者如果希望对pubmed-api gem进行改进或增加新功能,可以通过分叉(fork)原始的GitHub仓库来实现。分叉之后,开发者可以在自己的版本上创建功能分支,进行代码编写和测试。 - 完成修改后,可以通过GitHub发起一个pull request,将代码提交给原始的维护者进行审查。如果符合要求,维护者可能会合并(merge)这些更改,从而将新功能或改进纳入到主分支。 6. Ruby的开发实践: - 在使用Ruby进行开发时,通常会遵循DRY(Don't Repeat Yourself)原则,即通过代码重用和模块化来减少重复。 - 开发者还可能利用Ruby的各种内置库和框架,比如Ruby on Rails,来构建更为复杂的web应用和数据密集型项目。 以上便是从给定文件中提取出的相关知识点,涵盖了pubmed-api gem的安装、使用和Ruby开发的相关概念。通过使用该gem,Ruby开发者可以轻松地将PubMed数据集成到自己的项目中,极大地扩展了生物医学研究和数据挖掘的可能性。