收稿日期:20130615;修回日期:20130727 基金项目:国家自然科学基金资助项目(61070017,11304231);温州市科技计划项目
(G20110045)
作者简介:高和蓓(1979),女,浙江温州人,讲师,硕士,主要研究方向为计算机模拟、图像处理与科学计算(bogolyx@163.com);李洪(1978),
男,浙江缙云人,副研究员,在职博士,主要研究方向为并行计算、高分子模拟计算;龚斌(1964),男,山东济南人,教授,博导,博士,主要研究方向
为网格与高性能计算、图形与图像处理等.
基于自回避行走数值模拟的并行计算
高和蓓
1
,李 洪
2,3
,龚 斌
2
(1.温州职业技术学院 信息系,浙江 温州 325035;2.山东大学 计算机科学与技术学院,济南 250100;3.温州
大学 计算机系,浙江 温州 325035)
摘 要:提出一种蒙特卡洛方法并行计算高分子的单链性质,高分子链采用自回避行走方法生成初始状态,链
节点的随机运动通过键长涨落方法进行模拟。自回避链的配分函数没有解析解,研究高分子链的性质往往要计
算大量的样本。利用样本之间的独立性进行并行计算达到线性加速比,使蒙特卡洛模拟高分子链的并行计算时
间缩短到科学计算可以接受的时间范围。
关键词:并行计算;线性加速比;自回避行走;计算机模拟
中图分类号:TP391.9 文献标志码:A 文章编号:10013695(2014)04103904
doi:10.3969/j.issn.10013695.2014.04.020
Parallelcomputingbasedonnumericalsimulationofselfavoidingwalk
GAOHebei
1
,LIHong
2,3
,GONGBin
2
(1.Dept.ofInformationScience,WenzhouVocational&TechnicalCollege,WenzhouZhejiang325035,China;2.SchoolofComputerScience
&Technology,ShandongUniversity,Jinan250100,China;3.Dept.ofComputerScience,WenzhouUniversity,WenzhouZhejiang325035,
China)
Abstract:ThispaperpresentedaparallelMonteCarlomethodforthecalculationofasinglepolymerchain.Itusedselfavoi
dingwalkmethodtogeneratetheinitialstateofpolymerchain,andsimulatedtherandommotionofthechainbythebondfluc
tuationmethod.Fornoanalyticalsolutionmaycalculatechainpartitionfunction,propertiesofpolymerchainstendtobecalcu
latedbylargenumberofsamples.Itdevelopedparallelprogramforcomputingtheindependentsamplestoreachthelinear
speedup.ParallelexecutiontimewasacceptableforparallelMonteCarlosimulationofpolymerchains.
Keywords:parallelcomputing;linearspeedup;selfavoidingwalk(SAW);computersimulation
-
引言
计算机产生的动力是因为人们想发明一种能够用于科学
计算的机器。从 1946年第一台计算机诞生到现在,短短的六
十多年,计算机经历了飞速发展,遵循摩尔定律,晶体管数量每
18个月翻番的同时,计算性能也会增加一倍。近二十年来,并
行计算在实际应用中越来越多,已经被广泛应用于生物信息、
材料科学、流体力学、药物设计、计算化学、气象科学等学科领
域的科学计算,而且随着研究的开展与深入对计算能力需求有
增无减。开发和应用数学建模、数据分析、计算机仿真技术等
进行众多应用领域的高性能计算。在这些应用领域中,数据量
和复杂性不断增长,单单依靠理论分析和实验已难以应付。因
此,必须依靠大规模计算机模拟技术,从海量数据中提取最有
用的信息,形成许多应用领域与计算机科学的交叉学科———计
算科学,应用高性能计算机提高各自的应用学科(如物理、化
学或工程等学科)中最先进的理论和技术水平
[1,2]
。
高分子的计算理论与建模也是随着计算机的发展而成为
计算化学中的一个重要分支,高分子链在界面吸附成为了高分
子、生物科学等方面的一个研究热点
[3~6]
。往往借助于计算机
模拟进行研究,线型链是高分子常用的一种简化模型,由大量
相同结构的单元串联而成,一般高分子链因热运动使分子在空
间中的形状不停地发生变化形成各种构象。高分子的分子量
往往非常大,因此高分子链的构象数也十分大。于是对单个高
分子链的构象统计也是一个复杂的计算问题,高分子链构象统
计通常需要较长的计算时间,采用串行计算只能局限于计算一
些短链或局部的性质,近些年常采用并行计算进行研究
[7,8]
。
本文对高分子单链的数值模拟进行并行计算研究,首先采
用自回避行走方法产生,然后利用键长涨落方法模拟无规热运
动,考虑高分子链与表面接触有吸附作用,而且相互作用强度
与温度有关。本文采用并行 MonteCarlo方法模拟高分子链在
吸附表面的性质,在高性能集群上利用多核计算独立的样本,
计算结果再进行归约,可以达到理想的线性加速比。
!
模型
高分子链的模型分为无格点模型和有格点模型。虽然无
格点模型较真实地反映了高分子链的结构和构象,但是计算机
模拟较复杂,主要表现在链重叠检测和向量化计算。因此,高
分子链计算中也经常会采用有格点模型。本文模拟空间建立
第 31卷第 4期
2014年 4月
计 算 机 应 用 研 究
ApplicationResearchofComputers
Vol.31No.4
Apr.2014