假设基因表达矩阵保存在名为 gene_expression.txt 的文本文件中，其中第一行为样本名称，第一列为基因名称，剩余元素为基因表达水平。你可以使用以下 R 语言代码来绘制单个样本的基因表达水平箱线图，提取每个样本的中位数，并将中位数保存在excel中

以下是基于你提供的信息，绘制单个样本的基因表达水平箱线图，提取每个样本的中位数，并将中位数保存在 Excel 中的 R 语言代码：

# 加载需要使用的包
library(openxlsx)

# 读取基因表达矩阵
gene_exp <- read.table("gene_expression.txt", header=TRUE, row.names=1)

# 选择要绘制箱线图的样本
sample_name <- "Sample1"
sample_exp <- gene_exp[, sample_name]

# 绘制箱线图
boxplot(sample_exp, main=paste("Gene expression of", sample_name), ylab="Expression level")

# 提取中位数
sample_median <- median(sample_exp)
cat("Median expression level of", sample_name, "is", sample_median)

# 保存中位数至 Excel
wb <- createWorkbook()
addWorksheet(wb, "Sheet1")
writeData(wb, "Sheet1", data.frame(Sample=sample_name, Median=sample_median), startRow=1, startCol=1)
saveWorkbook(wb, "sample_median.xlsx")

其中，`read.table()` 函数用于读取基因表达矩阵文件，`header=TRUE` 表示第一行是列名，`row.names=1` 表示第一列是行名。`gene_exp[, sample_name]` 用于选取要绘制箱线图的样本数据，`sample_name` 为样本名称。`boxplot()` 函数用于绘制箱线图，`main` 参数为图表标题，`ylab` 参数为 Y 轴标签。`median()` 函数用于计算样本基因表达水平的中位数，`cat()` 函数用于打印输出结果。`library(openxlsx)` 用于加载 `openxlsx` 包，该包提供了用于读写 Excel 文件的函数。`createWorkbook()` 函数用于创建一个新的工作簿，`addWorksheet()` 函数用于添加一个名为 "Sheet1" 的工作表。`writeData()` 函数用于将样本中位数写入工作表中，`startRow` 和 `startCol` 参数用于指定写入数据的起始行和起始列。`saveWorkbook()` 函数用于保存工作簿到名为 "sample_median.xlsx" 的 Excel 文件中。你可以将代码中的 `sample_name` 变量替换为你要绘制箱线图和计算中位数的每个样本名称。如果你想提取所有样本的中位数，并将它们保存到同一 Excel 文件的不同工作表中，可以使用一个循环来遍历每个样本的列，并计算中位数和写入到工作表中。